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万見
- PDB-2zoi: Neutron Crystal Structure of Photoactive Yellow Protein, Wild typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zoi
タイトルNeutron Crystal Structure of Photoactive Yellow Protein, Wild type, at 295K
要素Photoactive yellow protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS / LOV / PHOTORECEPTOR / LIGHT SENSOR / LBHB / SHB / Chromophore / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Yamaguchi, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Low-barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein
著者: Yamaguchi, S. / Kamikubo, H. / Kurihara, K. / Kuroki, R. / Niimura, N. / Shimizu, N. / Yamazaki, Y. / Kataoka, M.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.145, 67.145, 41.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: PYP / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, microseeding
pH: 9
詳細: AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, SODIUM DIDEUTERIUM PHOSPHATE, DISODIUM DEUTERIUM PHOSPHATE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, MICROSEEDING, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / 波長: 2.6 / 波長: 2.6 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE DIP SCANNER FOR NEUTRONS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月31日
放射モノクロメーター: ELASTICALLY-BENT PERFECT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 15293 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 9.644 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique all: 1234 / % possible all: 72.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
MACSCIENCEDIPデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZOH

2zoh


解像度: 1.5→70 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 150751.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Restrained Isotropic Thermal Model / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The DE2 (and HE2) atom of GLU A 46 is involved in the special type of hydrogen bond, so-called Low barrier hydrogen bond. In such hydrogen bond, the HE2 (or DE2) atom is shared by the two ...詳細: The DE2 (and HE2) atom of GLU A 46 is involved in the special type of hydrogen bond, so-called Low barrier hydrogen bond. In such hydrogen bond, the HE2 (or DE2) atom is shared by the two donor atoms, which are OE2(GLU 46) and O4'(HC4 169) in this case. X-PLOR 3.851 WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT. THE STANDARD TOPOLOGY AND PARAMETER FILES WERE CHANGED FOR HYDROGEN AND DEUTERIUM ATOM PARAMETERS TO MEET THE REQUIREMENTS OF THE NEUTRON STRUCTURE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 757 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs-15283 89.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.4728 Å2 / ksol: 0.05657634 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 11 73 1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.013
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.68
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it2.781.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it3.712
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it5.142
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it5.942.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 94 4.4 %
Rwork0.3 2049 -
obs-2049 75.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
NEUTRON DIFFRACTION1pyp_neutron_v11.parampyp_neutron_v11_D4.top
NEUTRON DIFFRACTION2water_neutron_v11.paramwater_neutron_v11.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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