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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zo5 | ||||||
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タイトル | Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in a complex with azide | ||||||
![]() | Eight-heme nitrite reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome C nitrite reductase / NRFA / sulfite reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ammonium ion metabolic process / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Slutsky, A. / Tikhonova, T.V. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Bourenkov, G.P. / Popov, V.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structural analysis of a novel octaheme cytochrome c nitrite reductase from the haloalkaliphilic bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens 著者: Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, A.N. / Bourenkov, G.P. / Lamzin, V.S. / Popov, V.O. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of cytochrome c nitrite reductase from Thioalkalivibrio nitratireducens 著者: Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Bourenkov, G.P. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Popov, V.O. #2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006 タイトル: Molecular and catalytic properties of a novel cytochrome c nitrite reductase from nitrate-reducing haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens 著者: Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Sorokin, D.Y. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, V.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 447 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 372.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 7.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 7.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 59491.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ALEN 2 / 参照: UniProt: Q5F2I3, UniProt: L0DSL2*PLUS |
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-非ポリマー , 8種, 1164分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
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![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PG6.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
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![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PG6.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-AZI / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.58 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: The drop contained 5ml of enzyme solution (14.5mg/ml) in 0.005M Tris-borat buffer (PH8.7) and 5ml reservoir solution. the reservoir solution contained 27% PEG400, 0.18M sodium citrate in 0. ...詳細: The drop contained 5ml of enzyme solution (14.5mg/ml) in 0.005M Tris-borat buffer (PH8.7) and 5ml reservoir solution. the reservoir solution contained 27% PEG400, 0.18M sodium citrate in 0.09M TRIS buffer (PH8.5), Complex with azide ion was obtained by soaking crystal in reservoir solution with 20mM sodium azide by 30 minute, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→13 Å / Num. obs: 270000 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.489 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OT4 解像度: 1.7→11.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.128 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.487 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1523 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→11.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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