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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zm5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tRNA modification enzyme MiaA in the complex with tRNA(Phe) | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / tRNA modification enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Transferase / tRNA processing / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cytoplasmic translation in response to stress / tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / cellular response to heat / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sakai, J. / Yao, M. / Chimnaronk, S. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Snapshots of dynamics in synthesizing N(6)-isopentenyladenosine at the tRNA anticodon 著者: Chimnaronk, S. / Forouhar, F. / Sakai, J. / Yao, M. / Tron, C.M. / Atta, M. / Fontecave, M. / Hunt, J.F. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 529.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35482.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tRNA(Phe) was prepared by in vitro transcription. / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.09M MES, 24% PEG 3350, 0.18mM Ca(OAc)2, 0.01mM tri-Sodium Citrate dihydrate pH 5.6, 2% iso-Propanol, 2% PEG 4000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 39165 / Num. obs: 39165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 93.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.87 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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