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万見
- PDB-2zkl: Crystal Structure of capsular polysaccharide assembling protein C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zkl
タイトルCrystal Structure of capsular polysaccharide assembling protein CapF from staphylococcus aureus
要素Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
キーワードISOMERASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Jelly Rolls / NAD(P)-binding domain superfamily / Sandwich / Rossmann fold ...NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Jelly Rolls / NAD(P)-binding domain superfamily / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F / Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Miyafusa, T. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Tanaka, I. / Tsumoto, K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of capsular polysaccharide assembling protein from Staphylococcus aureus
著者: Miyafusa, T. / Tanaka, Y. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, N. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Tsumoto, K.
履歴
登録2008年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4883
ポリマ－42,3311
非ポリマー1582
水30617
1
A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子

A: Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9766
ポリマ－84,6612
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area7360 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.636, 119.636, 129.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F


分子量: 42330.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: capF / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q99X63, UniProt: A0A0H3JP37*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.317698 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.530884 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 300mM sodium chloride, 100mM ammonium sulfate, 100mM MES, 3.9M HCOONa-HCl(pH6.3), 30%(w/v) Glycerol, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21.0000, 0.9792, 0.9796
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2007年4月22日
ADSC QUANTUM 42CCD2007年1月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
30.97961
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 33090 / Num. obs: 32990 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ugiuiデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.61→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1859665.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1649 5.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 32095 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.9988 Å2 / ksol: 0.446583 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å27.38 Å20 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3---3.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 0 7 17 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 264 5.3 %
Rwork0.365 4692 -
obs-4692 92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramCwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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