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- PDB-2zkg: Crystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zkg
タイトルCrystal structure of unliganded SRA domain of mouse Np95
要素E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE / Protein-DNA interaction / Cell cycle / Developmental protein / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation pathway / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / histone H3K9me2/3 reader activity / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / : / heterochromatin ...histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / histone H3K9me2/3 reader activity / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / : / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination / replication fork / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / heterochromatin formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / DNA repair / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Arita, K. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Nakamura, Y. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Recognition of hemi-methylated DNA by the SRA protein UHRF1 by a base-flipping mechanism
著者: Arita, K. / Ariyoshi, M. / Tochio, H. / Nakamura, Y. / Shirakawa, M.
履歴
登録2008年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
C: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
D: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8778
ポリマ－93,6284
非ポリマー2484
水9,260514
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5313
ポリマ－23,4071
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4071
ポリマ－23,4071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4692
ポリマ－23,4071
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4692
ポリマ－23,4071
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.334, 67.013, 69.572
Angle α, β, γ (deg.)91.11, 65.01, 84.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and ...Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Nuclear protein 95


分子量: 23407.109 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 404-613 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uhrf1, Np95 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8VDF2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium acetate, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 96644 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BI7

3bi7


解像度: 1.77→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.181 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21678 4845 5 %RANDOM
Rwork0.18648 ---
obs0.18797 91798 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20.45 Å20.83 Å2
2---0.27 Å20.46 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5917 0 16 514 6447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9358269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.995310387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5522.652313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.70415972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1231566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.24627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.54741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2271.51541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38925925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29632897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2934.52344
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.773→1.819 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 293 -
Rwork0.214 5024 -
obs--71.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8670.2297-0.26481.174-0.4040.6937-0.05730.0189-0.00640.14250.0445-0.0270.0222-0.09370.0128-0.0031-0.0097-0.0003-0.049-0.0237-0.0417-0.14830.3657-0.2313
20.746-0.3181-0.00540.9717-0.5441.8611-0.00160.0230.0088-0.0282-0.0067-0.0766-0.0432-0.08230.0083-0.0790.0045-0.0081-0.0181-0.0009-0.0352-18.099232.8581-20.9841
31.51580.13610.2460.79770.18591.22590.00050.0130.04260.07950.0347-0.0051-0.06970.1525-0.0352-0.038-0.016-0.0032-0.0397-0.0106-0.032421.735231.2426-0.2213
41.69760.3249-0.40971.5160.47241.10540.0410.08650.0101-0.0695-0.025-0.00580.001-0.0203-0.016-0.050.00550.004-0.03150.0104-0.066817.609158.1886-28.5529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA413 - 48810 - 85
2X-RAY DIFFRACTION1AA500 - 61397 - 210
3X-RAY DIFFRACTION2BB413 - 48810 - 85
4X-RAY DIFFRACTION2BB500 - 61297 - 209
5X-RAY DIFFRACTION3CC415 - 48812 - 85
6X-RAY DIFFRACTION3CC502 - 61099 - 207
7X-RAY DIFFRACTION4DD415 - 48812 - 85
8X-RAY DIFFRACTION4DD500 - 60997 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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