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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zjs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus with a Fab fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM / Translocon / Sec / Protein-conducting-channel / Membrane / Protein transport / Translocation / Transmembrane / Transport / PROTEIN TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tsukazaki, T. / Mori, H. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Perederina, A. / Vassylyev, D.G. / Ito, K. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2008 タイトル: Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures 著者: Tsukazaki, T. / Mori, H. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Mori, T. / Dohmae, N. / Perederina, A. / Sugita, Y. / Vassylyev, D.G. / Ito, K. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zjs.cif.gz | 178 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zjs.ent.gz | 145.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zjs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/2zjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/2zjs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Oligomerization of the SecYE(G) complex had been observed in a number of studies. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47643.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-434 / 変異: L2V, R252G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KZP3, UniProt: Q5SHQ8*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7072.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KZP4, UniProt: P38383*PLUS |
#3: 抗体 | 分子量: 23781.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma |
#4: 抗体 | 分子量: 23736.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma |
#5: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 11% PEG 1500, 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 0.14M ammonium formate, 0.02% n-Dodecyl-beta-D-maltoside, 0.002M zinc acetate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→48.43 Å / Num. obs: 22585 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 62.254 / SU ML: 0.475 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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Xplor file |
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