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万見
- PDB-2zjs: Crystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zjs
タイトルCrystal Structure of SecYE translocon from Thermus thermophilus with a Fab fragment
要素
  • Fab56 (heavy chain)
  • Fab56 (light chain)
  • Preprotein translocase SecE subunit
  • Preprotein translocase SecY subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT/IMMUNE SYSTEM / Translocon / Sec / Protein-conducting-channel / Membrane / Protein transport / Translocation / Transmembrane / Transport / PROTEIN TRANSPORT-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase secy subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit ...Preprotein translocase secy subunit / Preprotein translocase SecY subunit / SecY subunit domain / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tsukazaki, T. / Mori, H. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Perederina, A. / Vassylyev, D.G. / Ito, K. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures
著者: Tsukazaki, T. / Mori, H. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Mori, T. / Dohmae, N. / Perederina, A. / Sugita, Y. / Vassylyev, D.G. / Ito, K. / Nureki, O.
履歴
登録2008年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Preprotein translocase SecY subunit
E: Preprotein translocase SecE subunit
H: Fab56 (heavy chain)
L: Fab56 (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3646
ポリマ－102,2334
非ポリマー1312
水00
1
Y: Preprotein translocase SecY subunit
E: Preprotein translocase SecE subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7813
ポリマ－54,7162
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Fab56 (heavy chain)
L: Fab56 (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5833
ポリマ－47,5182
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
Y: Preprotein translocase SecY subunit
E: Preprotein translocase SecE subunit
ヘテロ分子

Y: Preprotein translocase SecY subunit
E: Preprotein translocase SecE subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5626
ポリマ－109,4314
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8340 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area46680 Å2
手法PISA
5
H: Fab56 (heavy chain)
L: Fab56 (light chain)
ヘテロ分子

H: Fab56 (heavy chain)
L: Fab56 (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1666
ポリマ－95,0354
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.096, 103.073, 78.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Oligomerization of the SecYE(G) complex had been observed in a number of studies.

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase SecY subunit


分子量: 47643.102 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-434 / 変異: L2V, R252G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KZP3, UniProt: Q5SHQ8*PLUS
#2: タンパク質 Preprotein translocase SecE subunit


分子量: 7072.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pTV118N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KZP4, UniProt: P38383*PLUS
#3: 抗体 Fab56 (heavy chain)


分子量: 23781.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma
#4: 抗体 Fab56 (light chain)


分子量: 23736.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG 1500, 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 0.14M ammonium formate, 0.02% n-Dodecyl-beta-D-maltoside, 0.002M zinc acetate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.97942
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97920,0.97942,0.96418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月4日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年10月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.97921
30.964181
反射解像度: 3.2→48.43 Å / Num. obs: 22585

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 62.254 / SU ML: 0.475 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2798 1212 5.1 %RANDOM
Rwork0.24424 ---
obs0.24604 22465 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 127.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.64 Å20 Å23.82 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3---5.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.98 Å1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6930 0 2 0 6932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.9559681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6223.463283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.415151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0391537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.23471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1730.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3531.54519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63627191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51432949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8994.52490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 92 -
Rwork0.375 1635 -
obs--97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2481-0.7537-1.46660.41120.05980.7988-0.2413-0.45120.01720.15140.1389-0.21260.15010.19820.1024-0.13710.0807-0.0283-0.1527-0.0486-0.110319.65680.003937.1227
23.7302-0.2317-1.70391.65860.56661.13330.20110.6466-0.1681-0.1346-0.08790.1897-0.2312-0.46-0.1132-0.21690.0998-0.0577-0.0144-0.0023-0.173862.75131.29140.2166
33.40830.8712-1.29020.98820.36372.30740.09410.788-0.1611-0.0567-0.0068-0.0158-0.01460.0477-0.0874-0.15730.07540.01410.0128-0.0404-0.367694.0802-3.393-17.504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1YA1 - 4221 - 422
2X-RAY DIFFRACTION1EB12 - 5712 - 57
3X-RAY DIFFRACTION2HC1 - 1201 - 120
4X-RAY DIFFRACTION2LD1 - 1071 - 107
5X-RAY DIFFRACTION3HC121 - 220121 - 220
6X-RAY DIFFRACTION3LD108 - 214108 - 214
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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