PDB-2zih: Crystal Structure of Yeast Vps74

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zih

タイトル

Crystal Structure of Yeast Vps74

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 74

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / beta hairpin / vps / golgi localization / vps74 / tetramer / Golgi apparatus / Phosphoprotein / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation / Golgi vesicle budding / protein O-linked mannosylation / Golgi cisterna / protein retention in Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / protein N-linked glycosylation / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / Golgi medial cisterna ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schmitz, K.R. / Li, S. / Setty, T.G. / Ferguson, K.M.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: Golgi localization of glycosyltransferases requires a Vps74p oligomer.
著者: Schmitz, K.R. / Liu, J. / Li, S. / Setty, T.G. / Wood, C.S. / Burd, C.G. / Ferguson, K.M.

履歴

登録	2008年2月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zih.cif.gz	221 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zih.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ziiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zii-d 6rxq-d 6rxr-d 2wfe-d 2wjx-d 1xa8-3 2nu6-1 1jkj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 74

B: Vacuolar protein sorting-associated protein 74

C: Vacuolar protein sorting-associated protein 74

D: Vacuolar protein sorting-associated protein 74

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.688, 102.688, 292.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 74 分子量: 39478.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VPS74 Plasmid details: vector modified to include TEV cleavage site プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06385
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Vacuolar protein sorting-associated protein 74

分子量: 39478.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS74
Plasmid details: vector modified to include TEV cleavage site
プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06385

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8% PEG 3350, 5% ethylene glycol, 50mM MES, 50mM NaCl, 50mM CaCl2, 10mM EGTA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-D	1	0.97926, 0.97942, 0.94927
シンクロトロン	APS	23-ID-D	2	1.036

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年4月9日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2007年4月9日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.97942	1
3	0.94927	1
4	1.036	1

Reflection

冗長度: 10.2 % / Av σ(I) over netI: 6.9 / 数: 254363 / R_merge(I) obs: 0.14 / Χ²: 1.76 / D res high: 3.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24850 / % possible obs: 99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.32	50	99.3	1	0.065	3.956	10
5.81	7.32	99.6	1	0.125	2.322	10.7
5.08	5.81	99.7	1	0.14	1.796	10.9
4.61	5.08	99.6	1	0.128	1.698	11
4.28	4.61	99.5	1	0.134	1.574	11.1
4.03	4.28	99.5	1	0.164	1.333	11.1
3.83	4.03	99.4	1	0.218	1.203	11
3.66	3.83	99.2	1	0.282	1.098	10.5
3.52	3.66	98.6	1	0.378	1.097	9.2
3.4	3.52	95.4	1	0.456	1.031	6.6

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 43558 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 58.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 2.024 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	2.8	0.342	3658	1.282	83.8
2.9-3.02	3.5	0.307	4227	1.282	95.2
3.02-3.15	4.7	0.281	4343	1.254	99.3
3.15-3.32	5.6	0.225	4408	1.292	99.9
3.32-3.53	5.9	0.17	4419	1.612	99.8
3.53-3.8	5.9	0.123	4410	2.005	99.7
3.8-4.18	6	0.083	4445	2.166	99.8
4.18-4.79	6	0.067	4468	2.398	99.7
4.79-6.03	5.9	0.071	4537	2.734	99.6
6.03-50	5.6	0.05	4643	3.056	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→37.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 15.113 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.732 / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.302	2198	5.1 %	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
obs	0.237	43510	96.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.94 Å²	0.97 Å²	0 Å²
2-	-	1.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8536	0	0	5	8541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.976	11772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.317	5	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.039	23.906	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.366	15	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.033	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	6104
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.617	1.5	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2	8916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.579	3	3296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.646	4.5	2856

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.861 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	116	-
R_work	0.329	1820	-
all	-	1936	-
obs	-	-	69.32 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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