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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zia | ||||||
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タイトル | C4S dCK variant of dCK in complex with cladribine+UDP | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / dCK / purine / deoxycytidine kinase / nucleoside / cladribine / 2-chloro-2'-deoxyadenosine / deoxyadenosine analog / UDP / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sabini, E. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidation of different binding modes of purine nucleosides to human deoxycytidine kinase 著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32572.510 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S, C45S, C59S, C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.0M Sodium Citrate, 100mM Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→30 Å / Num. all: 52169 / Num. obs: 52169 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 8138 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P5Z 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.183 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.586 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
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