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万見
- PDB-2zhp: Crystal structure of bleomycin-binding protein from Streptoallote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zhp
タイトルCrystal structure of bleomycin-binding protein from Streptoalloteichus hindustanus complexed with bleomycin derivative
要素Bleomycin resistance protein
キーワードANTIBIOTIC INHIBITOR / ANTIBIOTIC RESISTANCE / bleomycin / Ligand binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase superfamily protein / Bleomycin resistance protein / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BY6 / COPPER (II) ION / Bleomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Okumura, H. / Miyazaki, I. / Simizu, S. / Osada, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-Affinity Relationship Study of Bleomycins and Shble protein Using a Chemical Array
著者: Miyazaki, I. / Okumura, H. / Simizu, S. / Takahashi, Y. / Kanoh, N. / Nonomura, Y. / Osada, H.
履歴
登録2008年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bleomycin resistance protein
B: Bleomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8419
ポリマ－27,6122
非ポリマー3,2297
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.992, 53.868, 125.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bleomycin resistance protein / bleomycin-binding protein / BRP / Phleomycin resistance protein


分子量: 13806.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptoalloteichus hindustanus (バクテリア)
プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17493
#2: 化合物 ChemComp-BY6 / [(2S,3R,4R,5S,6S)-2-[(3R,4R,5R,6R)-2-[(1R,2S)-2-[[6-amino-2-[(1S)-3-amino-1-[(2,3-diamino-3-oxopropyl)amino]-3-oxopropyl]-5-methylpyrimidine-4-carbonyl]amino]-3-[[(2S,3R,4R)-5-[[(2R,3S)-1-[2-[4-[4-[3-[4-(3-aminopropylamino)butylamino]propylcarbamoyl]-1,3-thiazol-2-yl]-1,3-thiazol-2-yl]ethylamino]-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]amino]-3-hydroxy-4-methyl-5-oxopentan-2-yl]amino]-1-(3H-imidazol-4-yl)-3-oxopropoxy]-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy-3,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl] carbamate / Bleomycin A6 / ブレオマイシンA6


分子量: 1497.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60H96N20O21S2
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG550mme, zinc sulfate, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B210.9
シンクロトロンSPring-8 BL26B221.37750, 1.37898, 1.41028
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年7月13日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年7月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.37751
31.378981
41.410281
反射解像度: 1.6→33.7 Å / Num. obs: 36738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 47.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1325892.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1832 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all-36637 --
obs-36616 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.01 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----0.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.02 Å0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 187 209 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 302 5.1 %
Rwork0.192 5654 -
obs-5956 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4blm.paramblm.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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