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- PDB-2zhk: Crystal structure of human galectin-9 N-terminal CRD in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zhk
タイトルCrystal structure of human galectin-9 N-terminal CRD in complex with N-acetyllactosamine dimer (crystal 1)
要素Galectin-9
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / BETA SANDWICH / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / GALECTIN / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of activated T cell autonomous cell death / : / Interleukin-2 family signaling / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of mast cell degranulation / natural killer cell tolerance induction / positive regulation of dendritic cell differentiation / positive regulation of dendritic cell chemotaxis ...positive regulation of activated T cell autonomous cell death / : / Interleukin-2 family signaling / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of mast cell degranulation / natural killer cell tolerance induction / positive regulation of dendritic cell differentiation / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / galactoside binding / positive regulation of transforming growth factor beta production / galactose binding / oligosaccharide binding / disaccharide binding / negative regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / negative regulation of activated T cell proliferation / p38MAPK cascade / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of T cell migration / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-12 production / response to interleukin-1 / : / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / female pregnancy / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to type II interferon / positive regulation of type II interferon production / chemotaxis / positive regulation of tumor necrosis factor production / carbohydrate binding / extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / receptor ligand activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / enzyme binding / : / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nagae, M. / Nishi, N. / Murata, T. / Usui, T. / Nakamura, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of the recognition mechanism of poly-N-acetyllactosamine by the human galectin-9 N-terminal carbohydrate recognition domain.
著者: Nagae, M. / Nishi, N. / Murata, T. / Usui, T. / Nakamura, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
履歴
登録2008年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-9
B: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2144
ポリマ－32,7172
非ポリマー1,4972
水3,279182
1
A: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1072
ポリマ－16,3581
非ポリマー7491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galectin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1072
ポリマ－16,3581
非ポリマー7491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.409, 221.177, 33.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1169-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Galectin-9 / HOM-HD-21 / Ecalectin


分子量: 16358.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (residues 1-148) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX4T-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00182
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2-1-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2M KF, 20% PEG 3350, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 24085 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 11.7 % / Rsym value: 0.096
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 9.2 % / Rsym value: 0.242 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.232 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1253 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 23403 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2---1.98 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 102 182 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8071.973246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.2685281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64323.739115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26915338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1411512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2970.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1081.51424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86922268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60631062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9124.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 89 -
Rwork0.224 1564 -
obs--89.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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