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万見
- PDB-2z9s: Crystal Structure Analysis of rat HBP23/Peroxiredoxin I, Cys52Ser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z9s
タイトルCrystal Structure Analysis of rat HBP23/Peroxiredoxin I, Cys52Ser mutant
要素Peroxiredoxin-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / 2-Cys type peroxiredoxin / decamer / thiol-specific antioxidant protein / HBP23 / Cytoplasm / Peroxidase / Phosphorylation / Redox-active center
機能・相同性
機能・相同性情報


NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis ...NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / leukocyte activation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / natural killer cell activation / erythrocyte homeostasis / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of stress-activated MAPK cascade / peroxisomal matrix / canonical NF-kappaB signal transduction / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / euchromatin / fibroblast proliferation / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Matsumura, T. / Okamoto, K. / Nishino, T. / Abe, Y.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Dimer-Oligomer Interconversion of Wild-type and Mutant Rat 2-Cys Peroxiredoxin: DISULFIDE FORMATION AT DIMER-DIMER INTERFACES IS NOT ESSENTIAL FOR DECAMERIZATION
著者: Matsumura, T. / Okamoto, K. / Iwahara, S. / Hori, H. / Takahashi, Y. / Nishino, T. / Abe, Y.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a multifunctional 2-Cys peroxiredoxin heme-binding protein 23 kDa/proliferation-associated gene product
著者: Hirotsu, S. / Abe, Y. / Okada, K. / Nagahara, N. / Hori, H. / Nishino, T. / Hakoshima, T.
履歴
登録2007年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
C: Peroxiredoxin-1
D: Peroxiredoxin-1
E: Peroxiredoxin-1
F: Peroxiredoxin-1
G: Peroxiredoxin-1
H: Peroxiredoxin-1
I: Peroxiredoxin-1
J: Peroxiredoxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,22310
ポリマ－221,22310
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.312, 111.637, 120.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-1 / Thioredoxin peroxidase 2 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase 2 / Heme-binding 23 kDa protein / HBP23


分子量: 22122.338 Da / 分子数: 10 / 変異: C52S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prdx1, Tdpx2 / プラスミド: pET3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63716, peroxiredoxin
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 48708

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.269 2532
Rwork0.205 -
obs-48708
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15460 0 0 0 15460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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