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万見
- PDB-2z8a: Ligand Migration and Binding in The Dimeric Hemoglobin of Scaphar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8a
タイトルLigand Migration and Binding in The Dimeric Hemoglobin of Scapharca Inaequivalvis: I25W with CO Bound to HEME and in the Presence of 3 Atoms of XE
要素Globin-1
キーワードOXYGEN BINDING / OXYGEN TRANSPORT / ALLOSTERY / OXYGEN AFFINITY / Cytoplasm / Heme / Iron / Metal-binding / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / XENON / Globin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Knapp, J.E. / Royer Jr., W.E. / Nienhaus, K. / Palladino, P. / Nienhaus, G.U.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Ligand Migration and Binding in the Dimeric Hemoglobin of Scapharca inaequivalvis
著者: Nienhaus, K. / Knapp, J.E. / Palladino, P. / Royer Jr., W.E. / Nienhaus, G.U.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin-1
B: Globin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,99011
ポリマ－32,0812
非ポリマー1,9099
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.660, 43.390, 82.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9352-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Globin-1 / Globin I / HbI / Dimeric hemoglobin


分子量: 16040.356 Da / 分子数: 2 / 変異: I1025W/I2025W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
遺伝子: HBI / プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQL8 / 参照: UniProt: P02213

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非ポリマー , 5種, 382分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 7.5
詳細: 1.5-2.5M PHOSPHATE BUFFER, pH 7.50, SMALL TUBES, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→46.3 Å / Num. obs: 118984 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.06→1.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
BIOCARSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SDH

3sdh


解像度: 1.06→46.3 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE MODEL WAS REFINED WITH A COMBINATION OF CNS AND SHELX WITH A ROUND OF MANUAL INTERVENTION IN BETWEEN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 10566 -RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.143 111984 95.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 99 373 2768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0242
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.077
LS精密化 シェル解像度: 1.06→1.1 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rwork0.163 --
Rfree-555 -
obs-6547 90.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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