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- PDB-2z7j: Structural insights into de multifunctional VP3 protein of birnav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z7j
タイトルStructural insights into de multifunctional VP3 protein of birnaviruses:gold derivative
要素Capsid assembly protein VP3
キーワードVIRAL PROTEIN / helix / Capsid protein / Hydrolase / Protease / Serine protease / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP3, domain 1 / Birnavirus VP3 protein, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein ...Capsid protein VP3, domain 1 / Birnavirus VP3 protein, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / DNA polymerase; domain 1 / Viral coat protein subunit / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Casanas, A. / Navarro, A. / Ferrer-Orta, C. / Gonzalez, D. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the multifunctional protein VP3 of birnaviruses.
著者: Casanas, A. / Navarro, A. / Ferrer-Orta, C. / Gonzalez, D. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid assembly protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8814
ポリマ－14,2901
非ポリマー5913
水52229
1
A: Capsid assembly protein VP3
ヘテロ分子

A: Capsid assembly protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7628
ポリマ－28,5802
非ポリマー1,1826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.749, 69.749, 71.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

AU

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要素

#1: タンパク質 Capsid assembly protein VP3


分子量: 14290.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス)
属: Avibirnavirus
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25220
#2: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.5M NaCl 0.1M Sodium Acetate pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1.039 1.040 1.037
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0391
21.041
31.0371
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 7312 / Num. obs: 7312 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
DNAデータ収集
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 13.734 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28492 329 4.6 %RANDOM
Rwork0.23614 ---
obs0.23834 6832 97.93 %-
all-7161 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 0 3 29 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.9621392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32524.61552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.8915182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.871157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5831.5641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04521009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4653438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4594.5383
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 18 -
Rwork0.246 414 -
obs--84.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.1952 Å / Origin y: 10.4684 Å / Origin z: 33.3749 Å
111213212223313233
T-0.359 Å2-0.0172 Å20.0685 Å2--0.2711 Å2-0.0197 Å2---0.4635 Å2
L6.1383 °2-6.9535 °23.1038 °2-10.0572 °2-4.2964 °2--3.2496 °2
S0.2544 Å °0.5375 Å °0.1129 Å °-0.4032 Å °-0.4557 Å °-0.1956 Å °0.2365 Å °0.2315 Å °0.2013 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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