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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z76 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of RV0760c from Mycobacterium tuberculosis at 1.82 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Putative steroid isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / alpha+beta conical barrel / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0760c at 1.50 A resolution, a structural homolog of Delta(5)-3-ketosteroid isomerase. 著者: Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z76.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z76.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z76.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z76_validation.pdf.gz | 472.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z76_full_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z76_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z76_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/2z76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/2z76 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Two molecules in the asymmetric unit is a biological assembly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15256.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv0760c, MT0785 / プラスミド: pGST-0760c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P71817 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LDA / | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Sodium acetate, 0.02% LDAO, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 28871 / Num. obs: 28871 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2A15 解像度: 1.82→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.467 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.979 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
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