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万見
- PDB-2z6n: Crystal Structure of Carbonmonoxy Hemoglobin D from the Aldabra G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6n
タイトルCrystal Structure of Carbonmonoxy Hemoglobin D from the Aldabra Giant Tortoise, Geochelone gigantea
要素
  • Hemoglobin A/D subunit beta
  • Hemoglobin D subunit alpha
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEMOGLOBIN D / REPTILIA / THE ALDABRA GIANT TORTOISE / Geochelone gigantea / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin A/D subunit beta / Hemoglobin D subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Dipsochelys dussumieri (爬虫類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Kuwada, T. / Hasegawa, T. / Sato, I. / Ishikawa, K. / Shishikura, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Ligated Hemoglobin D from the Aldabra Giant Tortoise, Geochelone gigantea
著者: Kuwada, T. / Hasegawa, T. / Sato, I. / Ishikawa, K. / Shishikura, F.
履歴
登録2007年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin D subunit alpha
B: Hemoglobin A/D subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6746
ポリマ－32,3852
非ポリマー1,2894
水6,936385
1
A: Hemoglobin D subunit alpha
B: Hemoglobin A/D subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin D subunit alpha
B: Hemoglobin A/D subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,34812
ポリマ－64,7704
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.355, 62.104, 53.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a hemoglobin tetramer generated from the alpha-beta dimer in the asymmetric unit by the operation: -x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin D subunit alpha / Hemoglobin D alpha chain


分子量: 16190.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dipsochelys dussumieri (爬虫類) / 組織: red blood cell / 参照: UniProt: P83134
#2: タンパク質 Hemoglobin A/D subunit beta / Hemoglobin A/D beta chain


分子量: 16194.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dipsochelys dussumieri (爬虫類) / 組織: red blood cell / 参照: UniProt: P83133
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% PEG 3350, 50mM HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月8日
放射モノクロメーター: confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→53.51 Å / Num. obs: 28249 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2005精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V75

1v75


解像度: 1.86→30.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 722671.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2805 9.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs-28243 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.5897 Å2 / ksol: 0.361074 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.85 Å20 Å2-0.47 Å2
2--11.1 Å20 Å2
3----6.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→30.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2292 0 90 385 2767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 500 10.8 %
Rwork0.296 4143 -
obs--95.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hem_xplor.paramhem_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION4cmo_xplor.paramcmo_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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