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万見
- PDB-2z55: Bacterioruberin in the trimeric structure of archaerhodopsin-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z55
タイトルBacterioruberin in the trimeric structure of archaerhodopsin-2
要素Archaerhodopsin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / retinal protein / bacterioruberin
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / RETINAL / Archaerhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. AUS-2 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kouyama, T. / Yoshimura, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural role of bacterioruberin in the trimeric structure of archaerhodopsin-2
著者: Yoshimura, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Archaerhodopsin-2
B: Archaerhodopsin-2
D: Archaerhodopsin-2
E: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,98420
ポリマ－109,2514
非ポリマー8,73316
水1,820101
1
A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,48815
ポリマ－81,9383
非ポリマー6,55012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20960 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

B: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

B: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,48815
ポリマ－81,9383
非ポリマー6,55012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21080 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA, PQS
3
D: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0006
ポリマ－27,3131
非ポリマー2,6885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9914
ポリマ－27,3131
非ポリマー1,6793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

D: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

D: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,00118
ポリマ－81,9383
非ポリマー8,06315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
手法PQS
6
E: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

E: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

E: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,97412
ポリマ－81,9383
非ポリマー5,0369
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.830, 108.830, 220.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABDE

#1: タンパク質
Archaerhodopsin-2 / AR 2


分子量: 27312.756 Da / 分子数: 4 / 断片: archaerhodopsin-2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium sp. AUS-2 (好塩性) / 株: aus-2 / 参照: UniProt: P29563
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-6DManpa1-2DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 113分子

#3: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#5: 化合物
ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.9M ammonium sulfate, 3.25mg/ml nonyl glucoside, 0.16M NaCl, 8% trehalose, 0.04% Na-azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→54 Å / Num. all: 51050 / Num. obs: 51050 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 7441 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EI4

2ei4


解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: hemihedrally twinned
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 4865 -random
Rwork0.201 ---
obs0.201 47521 93.6 %-
all-50784 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.158 Å2-1.073 Å20 Å2
2---0.158 Å20 Å2
3---0.316 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å-0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7374 0 612 101 8087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00797
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.322
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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