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- PDB-2z4t: Crystal Structure of Vibrionaceae Photobacterium sp. JT-ISH-224 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4t
タイトルCrystal Structure of Vibrionaceae Photobacterium sp. JT-ISH-224 2,6-sialyltransferase in a Ternary Complex with Donor Product CMP and Accepter Substrate Lactose
要素Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GT-B fold / immunoglobulin-like beta-sandwich fold / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3010 / Sialyltransferase, C-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / K319L-like, PKD domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Immunoglobulin-like - #3010 / Sialyltransferase, C-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / Sialyltransferase, N-terminal GT-B Rossman nucleotide-binding domain / Sialyltransferase PMO188 / K319L-like, PKD domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kakuta, Y. / Okino, N. / Kajiwara, H. / Ichikawa, M. / Takakura, Y. / Ito, M. / Yamamoto, T.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Vibrionaceae Photobacterium sp. JT-ISH-224 alpha2,6-sialyltransferase in a ternary complex with donor product CMP and acceptor substrate lactose: catalytic ...タイトル: Crystal structure of Vibrionaceae Photobacterium sp. JT-ISH-224 alpha2,6-sialyltransferase in a ternary complex with donor product CMP and acceptor substrate lactose: catalytic mechanism and substrate recognition
著者: Kakuta, Y. / Okino, N. / Kajiwara, H. / Ichikawa, M. / Takakura, Y. / Ito, M. / Yamamoto, T.
履歴
登録2007年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,96113
ポリマ－58,5721
非ポリマー1,38912
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.292, 90.292, 204.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase


分子量: 58571.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photobacterium sp. (バクテリア) / 株: JT-ISH-224 / 遺伝子: pst6-224 / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QYL1
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 292分子

#3: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 30% PEG4000, 0.1M Tris-HCl (pH8.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 34277 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EX1

2ex1


解像度: 2.5→41.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.178 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24297 1727 5.1 %RANDOM
Rwork0.19217 ---
obs0.19467 32443 99.84 %-
all-32443 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3955 0 87 281 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.9645717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.2885510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.91226205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1215725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.2861511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.22178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6571.52554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19624088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62631848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6484.51621
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 132 -
Rwork0.262 2349 -
obs--99.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.801 Å / Origin y: -36.102 Å / Origin z: -20.571 Å
111213212223313233
T-0.0385 Å2-0.0063 Å2-0.0007 Å2--0.2049 Å20.0051 Å2---0.281 Å2
L1.1437 °20.8178 °20.3862 °2-0.9091 °20.3454 °2--0.4668 °2
S0.1307 Å °0.038 Å °-0.0551 Å °0.0919 Å °-0.0036 Å °-0.0341 Å °0.0447 Å °0.0004 Å °-0.1271 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 9822 - 98
2X-RAY DIFFRACTION1AA99 - 30299 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1AA303 - 498303 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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