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万見
- PDB-2z3z: Prolyl tripeptidyl aminopeptidase mutant E636A complexd with an i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z3z
タイトルProlyl tripeptidyl aminopeptidase mutant E636A complexd with an inhibitor
要素Dipeptidyl aminopeptidase IV
キーワードHYDROLASE / peptidase family S9 / prolyl oligopeptidase family / serine protease / proline-specific peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Xaa-Pro tripeptidyl-peptidase / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AIO / Prolyl tripeptidyl peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Xu, Y. / Nakajima, Y. / Ito, K. / Yoshimoto, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Novel inhibitor for prolyl tripeptidyl aminopeptidase from Porphyromonas gingivalis and details of substrate-recognition mechanism
著者: Xu, Y. / Nakajima, Y. / Ito, K. / Zheng, H. / Oyama, H. / Heiser, U. / Hoffmann, T. / Gartner, U.T. / Demuth, H.U. / Yoshimoto, T.
履歴
登録2007年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl aminopeptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9423
ポリマ－79,5471
非ポリマー3952
水10,881604
1
A: Dipeptidyl aminopeptidase IV
ヘテロ分子

A: Dipeptidyl aminopeptidase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,8846
ポリマ－159,0932
非ポリマー7904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_556-x,-x+y,-z+11
Buried area5970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area51600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.825, 149.825, 161.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl aminopeptidase IV / prolyl tripeptidyl aminopeptidase


分子量: 79546.742 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 39-732 / 変異: E636A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG1316 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q7MUW6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AIO / [(2R)-1-(L-ALANYL-L-ISOLEUCYL)PYRROLIDIN-2-YL]BORONIC ACID


分子量: 299.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26BN3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.1M pottasium sodium tartrate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CHES buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日 / 詳細: monochrometor
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromertor
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 77814 / Num. obs: 77814 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 83.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique all: 7590 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2Z3W

2z3w


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.59 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21188 3765 5 %RANDOM
Rwork0.18273 ---
obs0.18419 71475 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 26 604 5791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.9467242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19623.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8615829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3581534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9221.53314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4625194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26532338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4154.52048
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 245 -
Rwork0.217 5255 -
obs--97.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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