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- PDB-2z3f: Crystal structure of spCia1/Asf1 complexed with Cac2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z3f
タイトルCrystal structure of spCia1/Asf1 complexed with Cac2 peptide
要素
  • Histone chaperone cia1
  • SPAC26H5.03 protein
キーワードCHAPERONE / Histone chaperone / nucleosome diassembly/assembly / chromatin regulation / Chromatin regulator / Coiled coil / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / WD repeat / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


H3-H4 histone complex chaperone activity / mitotic recombination-dependent replication fork processing / CAF-1 complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear replication fork / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly ...H3-H4 histone complex chaperone activity / mitotic recombination-dependent replication fork processing / CAF-1 complex / histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear replication fork / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / DNA repair / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / : / CAF1B/HIR1 beta-propeller domain / Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / : / CAF1B/HIR1 beta-propeller domain / Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin assembly factor 1 subunit B / Histone chaperone cia1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Malay, A.D. / Padmanabhan, B. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Fission Yeast Histone Chaperone Asf1 Complexed with the Hip1 B-domain or the Cac2 C Terminus
著者: Malay, A.D. / Umehara, T. / Matsubara-Malay, K. / Padmanabhan, B. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone cia1
I: SPAC26H5.03 protein
B: Histone chaperone cia1
J: SPAC26H5.03 protein
C: Histone chaperone cia1
K: SPAC26H5.03 protein
D: Histone chaperone cia1
L: SPAC26H5.03 protein
E: Histone chaperone cia1
M: SPAC26H5.03 protein
F: Histone chaperone cia1
N: SPAC26H5.03 protein
G: Histone chaperone cia1
O: SPAC26H5.03 protein
H: Histone chaperone cia1
P: SPAC26H5.03 protein
Q: SPAC26H5.03 protein
R: SPAC26H5.03 protein
T: SPAC26H5.03 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,82719
ポリマ－171,82719
非ポリマー00
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24150 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area62760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.512, 151.512, 144.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22E
13C
23D
14G
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 159 / Label seq-ID: 3 - 159

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21FK
12BC
22EI
13CE
23DG
14GM
24HO

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質
Histone chaperone cia1 / Anti-silencing function protein 1 / Cia1/Asf1


分子量: 18347.934 Da / 分子数: 8 / 断片: Cia1/Asf1 N-terminal domain, residues 1-162 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cia1, asf1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74515
#2: タンパク質・ペプチド
SPAC26H5.03 protein / Cac2


分子量: 2276.719 Da / 分子数: 11 / 断片: cac2 C-terminal domain, residues 493-512 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13985
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8M Na/K phosphate pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月1日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 50157 / Num. obs: 50092 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 5054 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CU9

2cu9


解像度: 2.7→31.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 12.854 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26319 2252 5.1 %RANDOM
Rwork0.20829 ---
obs0.21103 42342 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10996 0 0 312 11308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02211240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.97315321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.011324032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49951351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.211273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.26852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.56899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.766211328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94734341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3864.53993
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2441tight positional0.060.05
2B2442tight positional0.060.05
3C2442tight positional0.050.05
4G2442tight positional0.050.05
1A2441tight thermal0.160.5
2B2442tight thermal0.130.5
3C2442tight thermal0.130.5
4G2442tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.344 149
Rwork0.267 3136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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