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- PDB-2z33: Solution structure of the DNA complex of PhoB DNA-binding/transac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z33
タイトルSolution structure of the DNA complex of PhoB DNA-binding/transactivation Domain
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3'
  • Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing molecluar dynamics
データ登録者Yamane, T. / Okamura, H. / Ikeguchi, M. / Nishimura, Y. / Kidera, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Water-mediated interactions between DNA and PhoB DNA-binding/transactivation domain: NMR-restrained molecular dynamics in explicit water environment.
著者: Yamane, T. / Okamura, H. / Ikeguchi, M. / Nishimura, Y. / Kidera, A.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3'
A: Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9673
ポリマ－21,9673
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*T)-3'


分子量: 4872.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3'


分子量: 4921.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB


分子量: 12173.898 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: phoB / プラスミド: PT7-7-CB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFJ5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D SEQUENTIAL ASSIGNMENT PROTOCOL
1213D HNHA
1314D 13C-SEPARATED NOESY
1414D 13C/15N-SEPARATED NOESY
1513D 15N-SEPARATED NOESY
1613D 13C SEPARATED NOESY, 2D NOESY
1712D TOCSY AND 2D COSY

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試料調製

詳細内容: 1-2mM PhoB-DNA U-15N, 13C; 10mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeデータ解析
PIPPデータ解析
CNS1A.BRUNGER et al.精密化
MARBLE0.3.46M.Ikeguchi精密化
精密化手法: simulated annealing molecluar dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2508 RESTRAINTS, 2263 ARE NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS 229 ARE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND 16 ARE RESTRAINTS OF DNA BASE PLANALITY RESTRAINTS. ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2508 RESTRAINTS, 2263 ARE NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS 229 ARE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND 16 ARE RESTRAINTS OF DNA BASE PLANALITY RESTRAINTS. STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH CNS BY FOLLOWIN PROCEDURE. FIRST, ONLY THE STRUCTURES OF PROTEIN WERE CALCULATED USING THE HYBRID DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEAING PROTOCOL WITH THE INTRA-PROTEIN RESTRAINTS, 10 OUT OF 100 CALCULATED STRUCTURES WERE SELECTED BY HAVING NO DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.2 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATION GREATER THAN 2 DEGREES and A LOW TARGET ENERGY. SECOND, THE PROTEIN AND AN IDEALIZED B-FORM OF 16-MER DUPLEX DNA WERE DOCKED BY A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL, FOR WHICH THE INTRA-DNA, INTER-MOLECULAR AND INTRA-PROTEIN RESTRAINTS WERE EMPLOYED. AS AN INITIAL STRUCTURE, EACH OF THE 10 PROTEIN STRUCTURES WAS PLACED IN 15 DIFFERENT POSITIONS 50 ANGSTROMS AWAY FROM THE DNA. NEXT, EACH OF THE 150 DOCKED COMPLEX STRUCTURES WAS FURTHER REFINED BY A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. FINALLY, 20 STRUCTURES WERE SELECTED BY HAVING NO DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.2 ANGSTROME AND NO TORSION ANGLE VIOLATION THAN 2 DEGREES AND A LOW TARGET ENERGY. ADDITIONALLY, 10 CNS-SELECTED STRUCTURES WERE REFINED IN REALISTIC SOLUTION SISTEM BY USING MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION PROGRAM, MARBLE WITH RESTRAINT FUNCTIONS FOR NOE DISTANCE DIHEDRAL ANGLE AND PLANARITY OF DNA BASE PAIR USED IN CNS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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