PDB-2z26: Thr110Ala dihydroorotase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z26

タイトル

Thr110Ala dihydroorotase from E. coli

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Kinetic and Structural Analysis of Mutant Escherichia coli Dihydroorotases: A Flexible Loop Stabilizes the Transition State
著者: Lee, M. / Maher, M.J. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M.

履歴

登録	2007年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z26.cif.gz	315.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z26.ent.gz	255.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z26_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z26_full_validation.pdf.gz	490 KB	表示
XML形式データ	2z26_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	2z26_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z24C 2z25C 2z27C 2z28C 2z29C 2z2aC 2z2bC 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e25-1 2z2a-d 2z24-d 6cty-1 2eg8-d 2z28-d 6l0g-2 2eg7-d 2z27-d 6l0i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.493, 78.885, 180.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38741.055 Da / 分子数: 2 / 変異: T110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase

-
非ポリマー , 5種, 790分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DOR / (4S)-2,6-DIOXOHEXAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / DIHYDROOROTIC ACID / ジヒドロオロト酸分子量: 158.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-NCD / N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE / N-カルバモイル-L-アスパラギン酸分子量: 176.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈N₂O₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	NCD(1420) AND DOR(1430) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 17% PEG3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 0.15M KCl, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryocooled Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→32 Å / Num. all: 166743 / Num. obs: 166743 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.29→1.32 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6718 / % possible all: 49.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XGE

1xge

解像度: 1.29→32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.102 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.154	8407	5 %	RANDOM
R_work	0.129	-	-	-
obs	0.131	166743	91.1 %	-
all	-	166743	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.043 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5464	0	45	782	6291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.965	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3	11792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.198	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.197	23.167	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.455	15	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.488	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.059	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.243	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.59	4	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.49	4	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.087	6	5651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.168	4	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.347	6	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.44	3	11661
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	12.383	3	786
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.448	3	10513

LS精密化シェル

解像度: 1.29→1.32 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	335	-
R_work	0.156	6383	-
obs	-	6718	49.77 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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