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万見
- PDB-2z1b: Crystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z1b
タイトルCrystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) from Mus musculs
要素Delta-aminolevulinic acid dehydratase
キーワードLYASE / Structure Genomics / conserved hypothetical protein / Porphyrin biosynthesis / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / negative regulation of proteasomal protein catabolic process ...Heme biosynthesis / proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / response to aluminum ion / cellular response to lead ion / response to mercury ion / response to selenium ion / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / response to fatty acid / response to cobalt ion / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / response to metal ion / response to iron ion / response to herbicide / heme biosynthetic process / response to ionizing radiation / response to zinc ion / response to vitamin E / response to amino acid / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / response to glucocorticoid / Neutrophil degranulation / response to nutrient / : / response to activity / protein homooligomerization / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / extracellular space / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Xie, Y. / Wang, H. / Kawazoe, M. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Shirozu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) from Mus musculs
著者: Xie, Y. / Wang, H. / Kawazoe, M. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Mikako, M. / Shirozu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
C: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
D: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3224
ポリマ－144,3224
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1612
ポリマ－72,1612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-20.3 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
2
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
C: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1612
ポリマ－72,1612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-20.7 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
3
D: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

D: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1612
ポリマ－72,1612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.920, 240.920, 103.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細in this crystal packing, it looks like dimer in one asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量: 36080.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: Alad / プラスミド: PX041202-30-MD01
参照: UniProt: Q9DD05, UniProt: P10518*PLUS, porphobilinogen synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Li2SO4, 0.1M HEPES-Na (pH7.5), 9.5% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97955 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: silikon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97955 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 27448 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.47 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / Num. unique all: 3839 / Rsym value: 0.641 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z0I

2z0i


解像度: 3.3→43.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 247047.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.353 2400 9.9 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.278 24143 88.7 %-
all-27448 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.4646 Å2 / ksol: 0.296522 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.94 Å26.72 Å20 Å2
2---4.94 Å20 Å2
3---9.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.92 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9166 0 0 57 9223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 333 10.6 %
Rwork0.346 2817 -
obs--70.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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