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- PDB-2z0r: Crystal structure of hypothetical protein TTHA0547 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z0r
タイトルCrystal structure of hypothetical protein TTHA0547
要素Putative uncharacterized protein TTHA0547
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha/beta protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Uncharacterised protein PF11572, DUF3234 / Protein of unknown function DUF3234 / Protein of unknown function (DUF3234) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DUF3234 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein TTHA0547
著者: Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TTHA0547
B: Putative uncharacterized protein TTHA0547
C: Putative uncharacterized protein TTHA0547
D: Putative uncharacterized protein TTHA0547
E: Putative uncharacterized protein TTHA0547
F: Putative uncharacterized protein TTHA0547
G: Putative uncharacterized protein TTHA0547
H: Putative uncharacterized protein TTHA0547
I: Putative uncharacterized protein TTHA0547
J: Putative uncharacterized protein TTHA0547
K: Putative uncharacterized protein TTHA0547
L: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,64031
ポリマ－140,48212
非ポリマー1,15819
水5,152286
1
A: Putative uncharacterized protein TTHA0547
B: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5454
ポリマ－23,4142
非ポリマー1322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein TTHA0547
D: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5815
ポリマ－23,4142
非ポリマー1673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
手法PISA
3
E: Putative uncharacterized protein TTHA0547
F: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7127
ポリマ－23,4142
非ポリマー2985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
手法PISA
4
G: Putative uncharacterized protein TTHA0547
H: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5815
ポリマ－23,4142
非ポリマー1673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
手法PISA
5
I: Putative uncharacterized protein TTHA0547
J: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5454
ポリマ－23,4142
非ポリマー1322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
手法PISA
6
K: Putative uncharacterized protein TTHA0547
L: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6776
ポリマ－23,4142
非ポリマー2634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
手法PISA
7
A: Putative uncharacterized protein TTHA0547
B: Putative uncharacterized protein TTHA0547
C: Putative uncharacterized protein TTHA0547
D: Putative uncharacterized protein TTHA0547
E: Putative uncharacterized protein TTHA0547
F: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,83816
ポリマ－70,2416
非ポリマー59710
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
手法PISA
8
G: Putative uncharacterized protein TTHA0547
H: Putative uncharacterized protein TTHA0547
I: Putative uncharacterized protein TTHA0547
J: Putative uncharacterized protein TTHA0547
K: Putative uncharacterized protein TTHA0547
L: Putative uncharacterized protein TTHA0547
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,80215
ポリマ－70,2416
非ポリマー5629
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.501, 94.297, 101.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein TTHA0547


分子量: 11706.802 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKU6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.45M Ammonium sulfate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.97906, 0.97943, 0.964
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979061
20.979431
30.9641
反射解像度: 2.3→42.84 Å / Num. obs: 56109 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→42.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1572254.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2837 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 56087 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1099 Å2 / ksol: 0.359003 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.02 Å20 Å2-10.95 Å2
2---9.94 Å20 Å2
3---2.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9303 0 51 286 9640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 500 5.5 %
Rwork0.294 8606 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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