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万見
- PDB-2z0i: Crystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z0i
タイトルCrystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) from Mus musculus
要素Delta-aminolevulinic acid dehydratase
キーワードLYASE / DEHYDRATASE / TETRAPYRROLE BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / cellular response to lead ion / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / response to aluminum ion ...Heme biosynthesis / proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / cellular response to lead ion / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / response to aluminum ion / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / heme B biosynthetic process / response to mercury ion / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / response to fatty acid / response to selenium ion / response to cobalt ion / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / response to iron ion / response to herbicide / heme biosynthetic process / response to zinc ion / response to vitamin E / response to ionizing radiation / response to amino acid / response to cadmium ion / Neutrophil degranulation / cellular response to interleukin-4 / response to glucocorticoid / response to activity / protein homooligomerization / response to oxidative stress / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, H. / Xie, Y. / Kawazoe, M. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) from Mus musculus
著者: Wang, H. / Xie, Y. / Kawazoe, M. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0992
ポリマ－73,0992
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
2
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,3968
ポリマ－292,3968
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area32170 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area74290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.510, 121.510, 196.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Delta-aminolevulinic acid dehydratase / MS0399


分子量: 36549.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PX041202-30 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis
参照: UniProt: Q9DD05, UniProt: P10518*PLUS, porphobilinogen synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: TRIS, PEG 400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 12792 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1254 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+51 / 解像度: 3.2→42.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 25267.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 623 5.2 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 12063 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1807 Å2 / ksol: 0.371122 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6 Å20 Å20 Å2
2---6.6 Å20 Å2
3---13.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4299 0 0 48 4347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 98 5.3 %
Rwork0.28 1754 -
obs--91.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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