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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yy3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of translation elongation factor EF-1 beta from Pyrococcus horikoshii | ||||||
要素 | Elongation factor 1-beta | ||||||
キーワード | TRANSLATION / Elongation factor / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ishii, T. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of translation elongation factor EF-1 beta from Pyrococcus horikoshii 著者: Ishii, T. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yy3.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yy3.ent.gz | 50.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yy3_validation.pdf.gz | 436.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yy3_full_validation.pdf.gz | 446.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yy3_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yy3_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/2yy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/2yy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10457.496 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P58748 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 % / 解説: the file contains Friedel pairs. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M Lithium Sulfate, 2M Ammonium Sulfate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.97874, 0.97904, 0.99476 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月8日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32040 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rsym value: 0.051 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Rsym value: 0.299 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→32.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 330020.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: the file contains Friedel pairs.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0065 Å2 / ksol: 0.347946 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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