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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yxu | ||||||
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タイトル | Human Pyridoxal Kinase | ||||||
![]() | Pyridoxal kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / beta sheet with alpha helix / ATP complex / metal ion | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen ...pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen / pyridoxal phosphate binding / secretory granule lumen / phosphorylation / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Safo, M.K. / Musayev, F.N. / Ko, T.P. / Schirch, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of human pyridoxal kinase: structural basis of M(+) and M(2+) activation. 著者: Musayev, F.N. / di Salvo, M.L. / Ko, T.P. / Gandhi, A.K. / Goswami, A. / Schirch, V. / Safo, M.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35143.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 497分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2mM MgATP, 20mM K-PO4 (pH 7.0), 100mM NaCl, 100mM Tris-HCl (pH 8.0), 50% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月11日 / 詳細: MSC Varimax confocal optics |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 45398 / Num. obs: 44337 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 4452 / % possible all: 95.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2YXT 解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
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