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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ywq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermus thermophilus Protein Y N-terminal domain | ||||||
要素 | Ribosomal subunit interface protein | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / Sigma-54 modulation protein family / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / cytosolic small ribosomal subunit 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Kawazoe, M. / Takemoto, C. / Kaminishi, T. / Tatsuguchi, A. / Saito, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Thermus thermophilus Protein Y N-terminal domain 著者: Kawazoe, M. / Takemoto, C. / Kaminishi, T. / Tatsuguchi, A. / Saito, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ywq.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ywq.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ywq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2ywq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12255.760 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain, residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1294 / プラスミド: pET-11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIS0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 4M Sodium formate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97909, 0.97928, 0.96405 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.64→44.28 Å / Num. obs: 14256 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 27.84 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 28.52 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.73 Å / 冗長度: 28.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 1371 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.64→44.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1998698.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7124 Å2 / ksol: 0.37534 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→44.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.64→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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