PDB-2yw5: Solution structure of the bromodomain from human bromodomain cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yw5

タイトル

Solution structure of the bromodomain from human bromodomain containing protein 3

要素

Bromodomain-containing protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / bromodomain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dyanamics, simulated annealing, energy minimization

データ登録者

Furue, M. / Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the bromodomain from human bromodomain containing protein 3
著者: Furue, M. / Suzuki, S. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yw5.cif.gz	860 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yw5.ent.gz	725.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yw5_validation.pdf.gz	353.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yw5_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	2yw5_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	2yw5_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2yw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2yw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kpp-d 5l9o-2 3x0l-d 1q27-d 3dit-3 1754 5ulc-d 5a51-2 4zv1-d 2py9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002100040.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 3

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein 分子量: 15923.322 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-155, bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: P060731-10 / 参照: UniProt: Q15059

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細	内容: 1.2mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20060702	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9825	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
Amber	9	Case, D.A.	精密化

精密化

手法: torsion angle dyanamics, simulated annealing, energy minimization
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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