PDB-2yvm: Crystal structure of NDX2 in complex with MG2+ from thermus therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yvm

タイトル

Crystal structure of NDX2 in complex with MG2+ from thermus thermophilus HB8

要素

MutT/nudix family protein

キーワード

HYDROLASE / NUDIX PROTEIN / ADP-RIBOSE / FAD / THERMUS THERMOPHILUS / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrophosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wakamatsu, T. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Masui, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for different substrate specificities of two ADP-ribose pyrophosphatases from Thermus thermophilus HB8
著者: Wakamatsu, T. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.

履歴

登録	2007年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yvm.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yvm.ent.gz	36.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yvm_validation.pdf.gz	421.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yvm_full_validation.pdf.gz	422.4 KB	表示
XML形式データ	2yvm_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	2yvm_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yvnC 2yvoC 2yvpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6upi-d 3rwl-d 3cy1-d 2yvo-1 3tgq-2 3ofu-4 4rz8-2 3oft-3 5l94-1 6g5o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003001256.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MutT/nudix family protein

ヘテロ分子

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MutT/nudix family protein

ヘテロ分子

A: MutT/nudix family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.763, 101.176, 97.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	MutT/nudix family protein / NDX2 分子量: 20336.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: ndx2 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5SJY9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M MES, 0.08M MAGNESIUM ACETATE, 7%(W/V) PEG8000, 10%(W/V) GLYCEROL, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	95	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44B2	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL26B2	2	1.03985, 1.03940, 1.00000

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2004年10月28日
RIGAKU JUPITER 210	2	CCD	2004年11月17日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	TRANSPARENT DIAMOND DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SI DOUBLE CRYSTAL	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.03985	1
3	1.0394	1
4	1	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 22707 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 48

反射シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MLPHARE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→25.99 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	2245	-	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	-	22599	-	-
obs	-	20354	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.89 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.15 Å	0.09 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1437	0	2	129	1568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.14
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.66
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.53
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.33

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.81 Å / R_factor R_free error: 0.016

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	-	-
R_work	0.23	-	-
obs	-	3323	99.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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