PDB-2yvg: crystal structure of ferredoxin reductase, BPHA4 (blue-semiquinone)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yvg

タイトル

crystal structure of ferredoxin reductase, BPHA4 (blue-semiquinone)

要素

Ferredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Senda, T. / Senda, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Mechanism of the Redox-dependent Interaction between NADH-dependent Ferredoxin Reductase and Rieske-type [2Fe-2S] Ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Fukuda, M. / Ishida, T. / Senda, T.

履歴

登録	2007年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yvg.cif.gz	97.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yvg.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yvg_validation.pdf.gz	982.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yvg_full_validation.pdf.gz	989.4 KB	表示
XML形式データ	2yvg_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	2yvg_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e4pC 2e4qC 2gqwC 2gr0C 2yvfC 2yvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4t-1 4h4r-1 2gr2-1 4h4v-1 4h4w-1 4h4u-1 4h4s-1 2gr3-1 4h4y-1 4h50-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

A: Ferredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.288, 98.288, 170.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Ferredoxin reductase / ferredoxin reductase BPHA4 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: strain KKS102 / 遺伝子: bphA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52437, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 5.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.978
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月30日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 63621 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.8 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 36.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 18.9 % / R_merge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XTALVIEW		精密化
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.05 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	3178	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	60388	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	-0.23 Å²	0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2957	0	97	288	3342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	2.011	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.514	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.895	23.033	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.523	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.057	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.726	1.5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.864	3	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.836	4.5	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	227	-
R_work	0.228	4316	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8983	-0.3121	0.4133	1.351	0.5977	1.0891	-0.0824	-0.0948	0.063	0.1246	0.0554	0.0082	0.0203	-0.0695	0.027	-0.013	0.0218	0.0076	-0.0748	-0.017	-0.0538	53.9561	12.1837	11.9508
2	3.8411	1.0788	1.3243	1.448	0.2555	1.3916	-0.5238	0.8806	0.0604	-0.1916	0.3436	-0.2308	-0.2673	0.5632	0.1802	-0.0376	-0.16	0.0016	0.1303	-0.0136	-0.0397	81.1883	20.5954	5.3197
3	2.2277	-0.065	-0.4736	2.8389	1.6117	4.5775	-0.1236	-0.4682	0.0881	0.4832	-0.0234	-0.1943	0.1471	0.1172	0.1469	0.0215	0.0644	-0.0969	-0.0014	-0.0479	-0.0792	75.0417	20.1456	32.8867
4	3.6922	0.7495	1.9437	2.2821	2.2361	2.7841	-0.1746	0.2144	0.0284	0.0399	0.2787	-0.0435	-0.2243	0.2131	-0.1041	0.0305	0.0082	-0.0076	-0.0335	-0.0369	-0.0144	63.6336	12.8406	9.5514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 111	6 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	238 - 317	238 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 237	112 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	318 - 406	318 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	1449	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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