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万見
- PDB-2yv6: Crystal structure of human Bcl-2 family protein Bak -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yv6
タイトルCrystal structure of human Bcl-2 family protein Bak
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / STRUCTURE GENOMICS / BCL domain / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / Pyroptosis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, H. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Shirouzu, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Novel dimerization mode of the human Bcl-2 family protein Bak, a mitochondrial apoptosis regulator.
著者: Wang, H. / Takemoto, C. / Akasaka, R. / Uchikubo-Kamo, T. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Sugano, S. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Kigawa, T. / ...著者: Wang, H. / Takemoto, C. / Akasaka, R. / Uchikubo-Kamo, T. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Sugano, S. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年10月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7372
ポリマ－18,6411
非ポリマー961
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.824, 61.824, 137.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / MS0836 / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like 7 protein


分子量: 18641.266 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PK060220-06 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q16611
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: ammonium sulfate, iso-propanol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97105 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5908 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 23.3 % / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 563 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 150963.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 333 5.7 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 5832 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1895 Å2 / ksol: 0.383717 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4 Å22.27 Å20 Å2
2---3.4 Å20 Å2
3---6.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1276 0 5 19 1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 55 6 %
Rwork0.199 867 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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