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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yv6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Bcl-2 family protein Bak | ||||||
要素 | Bcl-2 homologous antagonist/killer | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / STRUCTURE GENOMICS / BCL domain / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Takemoto, C. / Terada, T. / Shirouzu, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009 タイトル: Novel dimerization mode of the human Bcl-2 family protein Bak, a mitochondrial apoptosis regulator. 著者: Wang, H. / Takemoto, C. / Akasaka, R. / Uchikubo-Kamo, T. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Sugano, S. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Kigawa, T. / ...著者: Wang, H. / Takemoto, C. / Akasaka, R. / Uchikubo-Kamo, T. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Sugano, S. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yv6.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yv6.ent.gz | 32.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yv6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yv6_validation.pdf.gz | 437.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yv6_full_validation.pdf.gz | 443.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yv6_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yv6_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/2yv6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18641.266 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PK060220-06 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q16611 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: ammonium sulfate, iso-propanol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97105 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5908 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 23.3 % / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 563 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 150963.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1895 Å2 / ksol: 0.383717 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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