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万見
- PDB-2yv3: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yv3
タイトルCrystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8
要素Aspartate-semialdehyde dehydrogenaseアスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / ASPARTATE PATHWAY / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, beta-type / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, beta-type / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kagawa, W. / Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Bessho, Y. / Ellis, M.J. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8
著者: Kagawa, W. / Fujikawa, N. / Kurumizaka, H. / Bessho, Y. / Ellis, M.J. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2492
ポリマ－72,2492
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.167, 125.167, 116.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ


分子量: 36124.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q5SKU8, アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.2), 0.2M MgCl2, 30% PEG 4000, 3% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9789, 0.9000, 0.9793
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月22日
放射モノクロメーター: Si Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.91
30.97931
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 29713 / Num. obs: 29493 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2832 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GZ3

2gz3


解像度: 2.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.368 2923 -random
Rwork0.303 ---
all0.368 29301 --
obs0.303 26378 99.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 0 45 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00954
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.75
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.7-2.80.4143010.305X-RAY DIFFRACTION258010
2.8-2.910.4012950.283X-RAY DIFFRACTION261710
2.91-3.040.4312960.32X-RAY DIFFRACTION259510
3.04-3.20.4043110.308X-RAY DIFFRACTION258610
3.2-3.40.3742900.309X-RAY DIFFRACTION263510
3.4-3.660.3662720.292X-RAY DIFFRACTION264610
3.66-4.030.3422870.294X-RAY DIFFRACTION264910
4.03-4.620.3272670.277X-RAY DIFFRACTION267610
4.62-5.810.3542890.302X-RAY DIFFRACTION265910
5.81-500.3713150.344X-RAY DIFFRACTION273510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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