PDB-2ytc: Solution structure of RNA binding domain in Pre-mRNA-splicing fac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ytc

タイトル

Solution structure of RNA binding domain in Pre-mRNA-splicing factor RBM22

要素

Pre-mRNA-splicing factor RBM22

キーワード

TRANSCRIPTION / RRM domain / RBD / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / Prp19 complex / U6 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of protein export from nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics,restrained molecular dynamics

データ登録者

Kasahara, N. / Tsuda, K. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of RNA binding domain in Pre-mRNA-splicing factor RBM22
著者: Kasahara, N. / Tsuda, K. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ytc.cif.gz	512.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ytc.ent.gz	430.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ytc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ytc_validation.pdf.gz	341.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ytc_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	2ytc_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	2ytc_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/2ytc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/2ytc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6e55-2 6k5r-d 2n1h-d 1pht-d 2gpe-2 5xe4-d 1x45-d 3kus-2 1vig-d 2k6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001002688.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing factor RBM22

9.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16 分子量: 9465.602 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA binding motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RBM22 / プラスミド: P060313-05 / 参照: UniProt: Q9NW64

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20060702	Delaglio,F	解析
NMRView	5.0.4	Jonson,B.A	データ解析
KUJIRA	0.982	Kobayashi,N	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert,P	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert,P	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics,restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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