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- PDB-2ypr: Crystal structure of the DNA binding ETS domain of human protein FEV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypr
タイトルCrystal structure of the DNA binding ETS domain of human protein FEV
要素PROTEIN FEV
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron fate specification / maternal behavior / neuron maturation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin ...neuron fate specification / maternal behavior / neuron maturation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Cooper, C. / Vollmar, M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ets Domains of Transcription Factors Etv1, Etv4, Etv5 and Fev: Determinants of DNA Binding and Redox Regulation by Disulfide Bond Formation.
著者: Cooper, C.D.O. / Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Allerston, C.K. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN FEV
B: PROTEIN FEV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7193
ポリマ－23,6272
非ポリマー921
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-14.4 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.770, 130.770, 130.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN FEV / FIFTH EWING VARIANT PROTEIN / PC12 ETS DOMAIN-CONTAINING TRANSCRIPTION FACTOR 1 / PC12 ETS FACTOR 1 / PET-1


分子量: 11813.431 Da / 分子数: 2 / 断片: ETS DOMAIN, RESIDUES 42-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q99581
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.95 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 14% PEG3350, 5% GLYCEROL, 100 MM CITRATE PH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→75.5 Å / Num. obs: 11808 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.9 % / Biso Wilson estimate: 102.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / 冗長度: 16.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLI

1fli


解像度: 2.64→75.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9357 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9495 / SU R Cruickshank DPI: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.296 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 559 4.75 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2162 11771 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.449 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→75.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 0 6 9 1499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081529HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.882062HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d685SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes227HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1529HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1645SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.89 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 126 4.62 %
Rwork0.237 2604 -
all0.2365 2730 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8197-0.99860.21646.1834-1.55015.9898-0.1045-0.48250.02430.4318-0.1801-0.2192-0.5986-0.47980.28460.03840.0194-0.07120.085-0.0305-0.1536-8.75227.628720.7694
24.6436-1.5280.47183.6466-1.86564.0629-0.121-0.26630.08790.3860.20850.0071-0.5806-0.7578-0.0874-0.03440.1532-0.06340.016-0.0532-0.24-18.74420.61836.5629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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