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万見
- PDB-2ypl: Structural features underlying T-cell receptor sensitivity to con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypl
タイトルStructural features underlying T-cell receptor sensitivity to concealed MHC class I micropolymorphisms
要素
  • (AGA T-CELL RECEPTOR ...) x 2
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-57 ALPHA CHAIN
  • KF11 P24 GAG PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / MICROPOLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / viral budding via host ESCRT complex / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / viral budding via host ESCRT complex / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / negative regulation of receptor binding / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / RNA-directed DNA polymerase activity / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / exoribonuclease H activity / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / DNA integration / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / positive regulation of protein binding / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / host cell / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / DNA recombination / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / learning or memory / immune response / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / : / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stewart-Jones, G.B. / Simpson, P. / van der Merwe, P.A. / Easterbrook, P. / McMichael, A.J. / Rowland-Jones, S.L. / Jones, E.Y. / Gillespie, G.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Features Underlying T-Cell Receptor Sensitivity to Concealed Mhc Class I Micropolymorphisms.
著者: Stewart-Jones, G.B. / Simpson, P. / Anton Van Der Merwe, P. / Easterbrook, P. / Mcmichael, A.J. / Rowland-Jones, S.L. / Jones, E.Y. / Gillespie, G.M.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-57 ALPHA CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: KF11 P24 GAG PEPTIDE
D: AGA T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
E: AGA T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7255
ポリマ－93,7255
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10140 Å2
ΔGint-53.1 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.348, 75.605, 241.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, B-57 ALPHA CHAIN / BW-57 / MHC CLASS I ANTIGEN B*57 / HLA-B5703


分子量: 31598.096 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / BETA-2-MICROGLOBULIN FORM PI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P61769

-
AGA T-CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 AGA T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量: 22307.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3
#5: タンパク質 AGA T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量: 26804.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 196分子 C

#3: タンパク質・ペプチド KF11 P24 GAG PEPTIDE


分子量: 1266.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q70XD7*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.3 / 詳細: pH 7.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 41023 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BVO

2bvo


解像度: 2.4→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 21.049 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27746 2054 5 %RANDOM
Rwork0.22072 ---
obs0.22358 38896 98.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.21 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6601 0 0 195 6796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.949208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5725816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62723.848343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.836151107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.941549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 157 -
Rwork0.346 2603 -
obs--91.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39990.0524-0.38970.1154-0.33991.8377-0.01470.09740.04140.01910.1205-0.0540.0313-0.2812-0.10570.0850.13090.09270.29550.12720.3684-3.4308-33.301431.6149
21.67430.8449-0.42471.0529-1.63393.6736-0.24030.37980.1051-0.0790.27260.07910.09170.015-0.03220.16620.0050.07030.36860.08280.30339.9511-28.5795-1.6937
30.9074-0.5916-0.01940.8720.39782.8225-0.0268-0.2032-0.151-0.13160.4694-0.03330.3665-0.6143-0.44250.1462-0.25910.0020.59980.11470.2449-8.1969-39.93765.8727
40.38-0.33711.0850.3175-0.99313.15340.1567-0.3897-0.1462-0.24150.25370.07390.6946-1.0663-0.41040.2744-0.10270.09040.52430.34340.4076-5.8941-32.699140.4108
50.75180.1884-0.48480.10990.31795.29360.1723-0.11880.06760.0217-0.06090.00210.09240.5249-0.11140.1380.10840.06350.27080.09640.33155.6309-34.638462.857
60.4871-0.1409-0.43561.9482-0.44483.1870.1037-0.2039-0.03120.2409-0.0941-0.08680.21950.4802-0.00960.2236-0.00170.01110.19060.02970.2749-0.4277-38.367396.595
73.48351.0295-2.81280.4018-0.76124.18160.23410.8233-0.08390.13780.016-0.13420.2663-1.1625-0.25010.1907-0.1789-0.05130.70380.15220.3074-18.1527-42.044461.0613
80.92691.1526-0.16651.4775-0.15921.6830.00020.09780.08490.08410.09560.08330.0092-0.2426-0.09580.1794-0.06070.05570.1705-0.01340.3336-15.2213-34.794390.3973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6D116 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7E4 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8E116 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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