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万見
- PDB-2yoi: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Eukar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yoi
タイトルCrystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Eukaryotes Common Ancestor (LECA) from the Precambrian Period
要素LECA THIOREDOXIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED
機能・相同性Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of protein structure over four billion years.
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Atomic model
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / citation / exptl_crystal_grow
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method
改定 2.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECA THIOREDOXIN
B: LECA THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3089
ポリマ－24,0962
非ポリマー2127
水7,476415
1
A: LECA THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2377
ポリマ－12,0481
非ポリマー1896
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LECA THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0712
ポリマ－12,0481
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.366, 47.772, 73.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2075-

HOH

21B-2114-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LECA THIOREDOXIN


分子量: 12048.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: ANCESTRAL, RECONSTRUCTED PHYLOGENETICALLY / プラスミド: PET30A PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)

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非ポリマー , 5種, 422分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP; 1:1 RATIO MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 20% PEG 3350 T 293 K, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.973
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→36.6 Å / Num. obs: 46574 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 11.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx


解像度: 1.3→25.583 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 0.79 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 2361 5.1 %
Rwork0.156 --
obs0.1575 46540 94.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.505 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9787 Å20 Å2-0.3658 Å2
2---0.2228 Å20 Å2
3----0.7558 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.583 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 10 415 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2872750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.262825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.32650.22721080.18922327X-RAY DIFFRACTION86
1.3265-1.35540.21981200.18572565X-RAY DIFFRACTION92
1.3554-1.38690.19931330.18452532X-RAY DIFFRACTION92
1.3869-1.42160.21161450.17362510X-RAY DIFFRACTION92
1.4216-1.460.18181360.16592571X-RAY DIFFRACTION93
1.46-1.5030.19431280.15862560X-RAY DIFFRACTION93
1.503-1.55150.16311390.15362536X-RAY DIFFRACTION93
1.5515-1.60690.17721280.1512545X-RAY DIFFRACTION93
1.6069-1.67130.19931320.1522604X-RAY DIFFRACTION93
1.6713-1.74730.18371590.15992564X-RAY DIFFRACTION94
1.7473-1.83940.20351270.16212612X-RAY DIFFRACTION94
1.8394-1.95460.16431240.15652642X-RAY DIFFRACTION95
1.9546-2.10550.20041420.14862693X-RAY DIFFRACTION97
2.1055-2.31720.15641690.13912673X-RAY DIFFRACTION97
2.3172-2.65220.16661630.1452712X-RAY DIFFRACTION98
2.6522-3.34030.17371660.14482717X-RAY DIFFRACTION98
3.3403-25.58820.20571420.16672816X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59410.3226-0.83224.0723-3.08934.94160.2581-0.132-0.15080.3528-0.1834-0.12890.2625-0.01750.31130.1926-0.046-0.05760.0360.03860.0396-5.7293-0.660233.5299
20.98370.50320.4462.7085-1.02980.84830.1177-0.219-0.05390.4957-0.08790.20230.2542-0.4085-0.11260.2832-0.14730.04250.2117-0.01450.0819-16.5245-2.620437.4104
33.15-2.0971-1.87876.26232.94923.82870.0081-0.04190.03830.056-0.0377-0.0638-0.0201-0.17010.03580.0275-0.017-0.00880.06020.00030.03-10.5653-0.656525.4927
42.6958-0.0898-0.57956.11463.22413.7053-0.02280.12140.0915-0.0810.0864-0.3382-0.34110.1825-0.0960.0786-0.0481-0.01330.0750.01830.0688-2.69185.231221.2279
53.37650.2242-0.44211.89841.05892.31850.0349-0.05080.49110.1814-0.0786-0.056-0.406-0.06180.00450.1655-0.0084-0.01270.0571-0.00330.105-8.81798.281529.8461
62.92681.343-0.18072.5384-1.94492.26610.0398-0.06640.04660.1281-0.09120.08470.2577-0.27380.01910.1072-0.06380.02610.1027-0.04730.0919-15.0706-8.739425.5352
74.1457-0.1145-2.082.9192-0.05343.0947-0.0215-0.19670.09340.0669-0.0290.3715-0.238-0.48450.04890.05990.0181-0.01970.1748-0.0230.1215-18.88594.582624.3171
86.3015-1.106-2.24074.093-1.06114.4536-0.1134-0.02240.35310.08430.0319-0.025-0.4981-0.09860.01580.1749-0.0037-0.08470.05620.0230.1015-13.3812.088719.1752
96.2974-1.84543.11110.98380.22975.66930.3106-0.2298-0.5040.4596-0.0863-0.15450.4057-0.1514-0.18750.1617-0.0114-0.05220.05360.01870.1619-11.2065-28.913414.7954
100.00770.1490.01072.9568-0.00095.6398-0.0546-0.0364-0.38370.11220.1667-0.44680.38750.7585-0.09510.12050.065-0.03420.1978-0.0730.2733-2.6029-27.53048.5641
111.9276-0.25930.05833.27791.55953.00510.0962-0.0669-0.01510.3357-0.1741-0.08530.2051-0.06940.06090.0627-0.03810.00640.064-0.01070.0747-13.886-21.536711.4547
123.50690.1207-0.64063.89162.77945.13990.10690.0484-0.11540.0934-0.12310.17990.0641-0.17610.03410.039-0.05180.04110.0816-0.0150.0898-23.7937-23.316712.6611
134.13232.57043.51335.40784.30437.48250.05780.0814-0.17440.029-0.0153-0.02340.0637-0.1057-0.05650.04490.0020.00450.0505-0.00650.0659-15.9549-27.75086.5863
142.59750.57791.79088.7957-3.42822.92450.2012-0.0721-0.12740.64890.0375-0.24220.37650.2328-0.0630.21020.019-0.06990.0667-0.04150.1088-5.1996-18.465417.9243
152.58180.8181-0.13052.2441.05813.810.02680.0832-0.05660.0397-0.0309-0.11470.15440.10320.00170.02020.0010.01260.05580.0170.0928-10.8458-16.89276.9173
163.8775-0.0233-0.80813.120.72883.9709-0.03040.15460.066-0.18140.0080.2664-0.0048-0.25930.03610.046-0.0074-0.00620.09390.02930.1062-19.3116-17.57371.1791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:7)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 8:17)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 18:31)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 32:47)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 48:58)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 59:75)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 76:93)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 94:106)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 1:7)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 8:17)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 18:31)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 32:47)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 48:58)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 59:68)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 69:83)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESSEQ 84:106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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