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- PDB-2yoc: Crystal structure of PulA from Klebsiella oxytoca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yoc
タイトルCrystal structure of PulA from Klebsiella oxytoca
要素PULLULANASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / TYPE 2 SECRETION SYSTEMS
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulanase / pullulanase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain ...Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Immunoglobulin-like - #1110 / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Carbohydrate-binding-like fold / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Francetic, O. / Mechaly, A.E. / Tello-Manigne, D. / Buschiazzo, A. / Bernarde, C. / Nadeau, N. / Pugsley, A.P. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Structure / : 2016
タイトル: Structural Basis of Pullulanase Membrane Binding and Secretion Revealed by X-Ray Crystallography, Molecular Dynamics and Biochemical Analysis
著者: East, A. / Mechaly, A.E. / Huysmans, G.H.M. / Bernarde, C. / Tello-Manigne, D. / Nadeau, N. / Pugsley, A.P. / Buschiazzo, A. / Alzari, P.M. / Bond, P.J. / Francetic, O.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32016年1月20日Group: Database references
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PULLULANASE
B: PULLULANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,21524
ポリマ-236,5502
非ポリマー1,66622
5,549308
1
A: PULLULANASE
B: PULLULANASE
ヘテロ分子

A: PULLULANASE
B: PULLULANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,43148
ポリマ-473,1004
非ポリマー3,33144
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area15410 Å2
ΔGint-571.3 kcal/mol
Surface area140100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.150, 179.150, 334.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 PULLULANASE / ALPHA-DEXTRIN ENDO-1 / 6-ALPHA-GLUCOSIDASE / PULLULAN 6-GLUCANOHYDROLASE


分子量: 118274.914 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-1089 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / : UNF5023 / プラスミド: PCHA4486 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P07206, pullulanase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.8 M AMMONIUM SULPHATE, 2 % MPD AND 100 MM SODIUM CITRATE (PH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→58.64 Å / Num. obs: 71937 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 76.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.88→3.04 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.88→42.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9432 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9215 / SU R Cruickshank DPI: 0.85 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.936 / SU Rfree Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.295
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=16565. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=16565. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 3633 5.06 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1733 71862 99.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4003 Å20 Å20 Å2
2--4.4003 Å20 Å2
3----8.8006 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.399 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→42.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16104 0 78 308 16490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116496HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2222466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5556SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes468HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2404HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2157SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19496SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 251 5.18 %
Rwork0.2196 4594 -
all0.223 4845 -
obs--99.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.7012 Å / Origin y: 113.1728 Å / Origin z: 203.917 Å
111213212223313233
T0.428 Å2-0.0376 Å20.1432 Å2-0.6341 Å20.0779 Å2--0.3745 Å2
L0.9637 °2-0.578 °2-0.3417 °2-0.8567 °20.2481 °2--0 °2
S-0.1644 Å °-0.2066 Å °-0.267 Å °0.2388 Å °0.0933 Å °0.279 Å °0.0609 Å °-0.0016 Å °0.0712 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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