PDB-2yn2: Huf protein - paralogue of the tau55 histidine phosphatase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yn2

タイトル

Huf protein - paralogue of the tau55 histidine phosphatase domain

要素

UNCHARACTERIZED PROTEIN YNL108C

キーワード

HYDROLASE / HISTIDINE PHOSPHATASE DOMAIN / PHOSPHOGLYCERATE MUTASE DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatase activity / dephosphorylation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M. / von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A.C. / Kolb, P. / Muller, C.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Phosphatase Domain within Yeast General Transcription Factor Tfiiic.
著者: Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M.L. / Von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A. / Kolb, P. / Muller, C.W.

履歴

登録	2012年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2013年6月12日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yn2.cif.gz	163 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yn2.ent.gz	132.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yn2_validation.pdf.gz	423 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yn2_full_validation.pdf.gz	424 KB	表示
XML形式データ	2yn2_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	2yn2_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yn0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j5f-d 2br6-d 6pvs-2 3gzj-4 2wfm-1 6yzt-d 3gzj-1 6yhc-d 2qaj-1 2a7m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UNCHARACTERIZED PROTEIN YNL108C

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.720, 86.720, 98.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	UNCHARACTERIZED PROTEIN YNL108C / HUF7P 分子量: 31973.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): PRARE / 参照: UniProt: P53929
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 26% PEG 3,350, pH 5.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97633
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97633 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 27487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.17 % / B_iso Wilson estimate: 44.322 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.19
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 11.38 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YN0 (EDITED WITH SCULPTOR)

2yn0

解像度: 2.05→43.36 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.81 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 2-263 ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, EXCEPT FOR RESIDUES 209-216, WHICH ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	1376	5 %
R_work	0.1998	-	-
obs	0.2017	27399	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.055 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.6647 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.6647 Å²	0 Å²
3-	-	-	-19.3293 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2043	0	3	110	2156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2106
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	2855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.467	792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0499-2.1232	0.3494	146	0.3058	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1232-2.2082	0.33	132	0.2838	2527	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2082-2.3087	0.3123	130	0.2597	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3087-2.4304	0.2996	132	0.24	2564	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4304-2.5827	0.2642	133	0.2339	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5827-2.782	0.2614	136	0.2223	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.782-3.0619	0.2544	150	0.2231	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0619-3.5048	0.2628	138	0.2144	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5048-4.415	0.2018	146	0.1722	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.415-43.3697	0.199	133	0.1713	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6133	0.2868	0.756	0.2332	0.2824	1.0704	-0.0127	0.2688	0.0231	0.1017	-0.0706	0.0852	-0.2199	0.2952	0	0.4206	-0.0757	-0.0189	0.392	0.014	0.3998	-8.9131	47.3973	-4.0034
2	0.0967	-0.0044	0.0432	0.0319	0.0125	0.0232	-0.7415	0.1754	-0.0467	0.2776	-0.0673	0.8561	-0.3216	-0.0964	-0.0001	0.7239	0.0662	0.2427	0.5312	0.0402	0.6086	-19.8418	54.5165	12.782
3	0.8793	0.1944	-0.2461	0.272	-0.2861	0.2522	0.0288	0.0483	0.0237	0.1352	0.021	0.0125	0.0714	0.293	0	0.4039	-0.0635	-0.0092	0.3699	0.0229	0.3583	-6.0813	43.985	5.5365
4	0.252	-0.0995	-0.2288	0.1809	-0.0159	0.2222	-0.0254	-0.026	-0.1171	0.1336	0.1823	-0.2472	0.2889	0.6313	-0	0.5627	0.0931	-0.0724	0.6552	-0.0396	0.482	1.1699	33.8816	-2.9083
5	0.0604	0.0649	-0.007	0.0393	-0.0299	0.0035	-0.0587	-0.3627	-0.5213	0.0955	0.5303	-0.0462	-0.7051	-0.0805	0.0001	0.405	-0.1234	-0.0614	0.7177	-0.0045	0.5286	3.6118	46.8515	7.8186
6	0.3448	0.0182	-0.159	0.6754	-0.2671	0.1525	0.2298	-0.0298	-0.1648	0.4876	-0.0421	-0.1146	0.6233	0.2498	0.0001	0.6258	-0.0577	-0.0571	0.4196	0.0344	0.4628	-9.3128	29.1132	7.6434
7	0.0107	0.0066	0.0133	-0.0056	0.0221	0.0563	-0.4138	0.1807	-0.7904	0.8859	-0.3697	0.5784	0.3116	0.0697	0.0002	0.8034	-0.1084	0.0519	0.5179	-0.0175	0.4578	-10.0493	40.9664	23.0993
8	0.0998	0.0977	0.1221	0.069	-0.0347	0.1023	0.1266	-0.0696	0.0749	0.2771	0.1025	0.0288	0.2733	-0.1146	-0.0001	0.4269	-0.1058	-0.006	0.3681	0.0043	0.4006	-17.7391	35.0635	4.7884
9	0.0537	0.0424	0.0648	0.0834	-0.0059	0.0824	0.2465	0.2585	-0.2969	-0.1135	-0.2639	0.1933	0.3597	-0.2986	-0.0001	0.6265	-0.145	-0.0051	0.6624	-0.0363	0.6911	-30.6019	31.7066	-1.0868
10	0.6432	-0.1747	0.1548	0.2183	-0.0271	0.0888	0.1286	-0.135	0.2121	0.2197	-0.1555	0.1101	-0.1425	-0.0923	0	0.3934	-0.0462	0.0278	0.4513	-0.0463	0.4168	-22.422	40.4974	3.4476
11	0.0489	0.0295	-0.0498	0.0011	-0.0093	0.046	-0.5806	-0.4719	0.2156	-0.1875	0.5999	-0.1303	0.4178	-0.0581	-0.0002	0.6814	-0.1876	0.1259	0.6312	0.059	0.5043	-22.7449	31.9448	16.4169
12	0.0467	0.3909	0.2962	0.6353	-0.0089	0.6452	-0.0015	0.1807	0.006	0.1026	0.153	-0.1256	0.2093	-0.1922	0.0001	0.3595	-0.0134	-0.0448	0.4489	-0.0224	0.4352	-18.7894	41.7584	-6.6113
13	0.0394	-0.0167	0.0641	-0.0122	0.0045	0.046	-0.5096	-0.3269	0.4967	-0.5317	-0.7219	0.0709	0.4314	0.073	-0.0019	0.5444	-0.1088	-0.0933	0.5585	0.0106	0.5484	-16.2308	41.8154	-20.1703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:52)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 53:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 58:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 95:111)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 112:121)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 122:154)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 155:161)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 162:185)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 186:192)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 193:217)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 218:224)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 225:255)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 256:263)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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