PDB-2yn1: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yn1

タイトル

Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Gamma- Proteobacteria Common Ancestor (LGPCA) from the Precambrian Period

要素

LGPCA THIOREDOXIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALPHA BETA / ELECTRON TRANSPORT / ANCESTRAL RECONSTRUCTED PROTEIN

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2012年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Atomic model
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Database references
改定 2.0	2019年3月6日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yn1.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yn1.ent.gz	124.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yn1_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yn1_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	2yn1_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2yn1_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yj7C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 4ba7C 2trxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yoi-1 4f6g-d 2ynx-1 1fb6-1 1xwb-3 1trs-d 6ce6-d 2h6y-2 1zzy-2 4ruv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LGPCA THIOREDOXIN

B: LGPCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LGPCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LGPCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.090, 62.910, 42.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LGPCA THIOREDOXIN 分子量: 11724.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.45 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3 詳細: COUNTER-DIFFUSION TECHNIQUE. 30% PEG 400, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NA CITRATE, PH 8.50, 277K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→34.09 Å / Num. obs: 43308 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.47
反射シェル	解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx

解像度: 1.3→34.089 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	2194	5.1 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1694	43303	97.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.089 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	0	20	358	2006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.35	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.716	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3283	0.2689	120	0.27	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3283-1.3592	0.2605	143	0.2601	2556	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3592-1.3932	0.2271	141	0.2439	2586	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3932-1.4308	0.2684	122	0.2248	2604	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4308-1.4729	0.2534	146	0.2191	2564	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4729-1.5205	0.2477	144	0.2081	2541	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5205-1.5748	0.1978	141	0.1965	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5748-1.6379	0.2248	132	0.1906	2495	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6379-1.7124	0.2162	158	0.1742	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7124-1.8027	0.2093	149	0.1659	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8027-1.9156	0.1894	128	0.1572	2542	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9156-2.0635	0.1554	139	0.1446	2543	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0635-2.2711	0.203	129	0.1462	2618	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2711-2.5997	0.209	126	0.1537	2581	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5997-3.2749	0.2029	137	0.1568	2580	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2749-34.1007	0.1876	139	0.1511	2606	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8316	0.8597	-0.5462	4.8295	-1.146	2.5342	-0.0071	-0.1768	-0.0361	0.2327	0.0431	0.0003	-0.0636	-0.0075	-0.0351	0.071	0.0168	0.0051	0.0801	-0.0069	0.0451	12.7775	-12.624	23.2422
2	3.2949	0.5035	0.1001	2.203	-0.2828	1.2379	0.0677	-0.2375	0.1613	0.0804	-0.0628	0.1356	-0.1244	-0.1337	-0.0143	0.0994	0.0069	0.0052	0.1038	-0.0288	0.0574	8.0079	-8.8842	18.3874
3	3.8639	0.3328	0.4687	1.8683	0.3214	1.6511	0.0049	0.1201	-0.1094	-0.1305	-0.0057	0.0866	0.0445	-0.049	0.0032	0.1	0.0125	-0.0054	0.0697	-0.0155	0.048	9.4619	-15.5749	11.2098
4	2.0046	-2.9913	3.3376	4.9911	-2.3515	6.5244	-0.1329	-0.0189	-0.0679	0.2377	-0.0556	0.2256	0.1176	-0.1902	0.2247	0.1045	-0.0174	0.0465	0.1278	-0.0313	0.092	12.443	-1.5896	4.1196
5	3.862	3.2377	0.6213	8.7809	4.672	7.7938	0.1274	-0.2236	0.1748	0.3084	-0.0825	0.1172	-0.2561	-0.2503	-0.0524	0.1243	0.02	0.0167	0.1117	-0.0185	0.0705	12.9253	8.0341	4.067
6	2.035	-0.3015	-0.1487	3.7806	1.448	2.6532	-0.043	-0.1532	-0.194	0.0673	-0.0411	0.0284	0.378	0.0213	0.071	0.1407	-0.0083	0.0249	0.0911	0.0136	0.0575	18.8544	-6.1412	-3.6842
7	3.6665	2.5692	4.4354	7.3448	7.375	2.0302	0.1073	-0.1509	-0.1685	0.3474	0.0049	-0.3047	0.341	0.2754	-0.0699	0.1884	-0.0295	-0.0146	0.1928	0.0816	0.1363	28.2471	-6.3475	1.7917
8	3.4011	0.4449	0.9665	2.3405	0.7686	3.5878	0.0129	-0.3308	0.0001	0.1122	-0.1868	0.1892	0.0471	-0.059	0.1331	0.0861	-0.0101	0.0344	0.1297	-0.0131	0.0872	17.2232	0.0741	0.1232
9	3.5812	-1.5609	-0.6334	4.5485	0.9536	3.544	0.1046	0.0884	0.1317	-0.3183	-0.1246	0.0222	-0.1797	-0.2375	0.013	0.0855	0.0113	0.0122	0.071	0.0079	0.0584	18.6151	3.3143	-7.6665
10	3.5095	0.5005	1.8365	0.9281	-0.9132	2.7666	0.1525	0.0866	-0.0887	-0.0929	0.0225	-0.1031	-0.1122	0.139	-0.1934	0.0915	-0.0169	0.0274	0.0772	0.0124	0.1211	24.8948	3.5055	-7.8695
11	6.5797	-1.9152	1.27	7.2293	-0.8347	3.7384	0.0579	-0.1776	0.1579	0.0551	-0.0659	-0.2592	-0.0703	0.2138	0.0269	0.0736	-0.018	0.001	0.1431	0.0295	0.1456	32.3741	5.4633	-2.3411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 32:68)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 69:106)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 2:10)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 11:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 21:31)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 32:47)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 48:68)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 69:83)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 84:94)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 95:106)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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