[日本語] English
万見
- PDB-2yjt: Crystal structure of E. coli DEAD-box protein SrmB bound to regul... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yjt
タイトルCrystal structure of E. coli DEAD-box protein SrmB bound to regulator of ribonuclease activity A (RraA)
要素
  • ATP-DEPENDENT RNA HELICASE SRMB
  • REGULATOR OF RIBONUCLEASE ACTIVITY A
キーワードHYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE / HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE COMPLEX / DEAD BOX RNA HELICASES
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of RNA catabolic process / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / ribonuclease inhibitor activity / oxaloacetate decarboxylase activity / RNA strand annealing activity / poly(A) binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / protein homotrimerization / endoribonuclease inhibitor activity / ribosomal large subunit assembly ...negative regulation of RNA catabolic process / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / ribonuclease inhibitor activity / oxaloacetate decarboxylase activity / RNA strand annealing activity / poly(A) binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / protein homotrimerization / endoribonuclease inhibitor activity / ribosomal large subunit assembly / RNA helicase activity / RNA helicase / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase SrmB / Regulator of ribonuclease activity A, gammaproteobacteria / Regulator of ribonuclease activity A / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site ...ATP-dependent RNA helicase SrmB / Regulator of ribonuclease activity A, gammaproteobacteria / Regulator of ribonuclease activity A / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / 3-Layer(bba) Sandwich / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Regulator of ribonuclease activity A / ATP-dependent RNA helicase SrmB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pietras, Z. / Hardwick, S.W. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Potential Regulatory Interactions of Escherichia Coli Rraa Protein with Dead-Box Helicases.
著者: Pietras, Z. / Hardwick, S.W. / Swiezewski, S. / Luisi, B.F.
履歴
登録2011年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF RIBONUCLEASE ACTIVITY A
B: REGULATOR OF RIBONUCLEASE ACTIVITY A
C: REGULATOR OF RIBONUCLEASE ACTIVITY A
D: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE SRMB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6734
ポリマ－71,6734
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.390, 73.390, 222.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 159 / Label seq-ID: 2 - 159

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 REGULATOR OF RIBONUCLEASE ACTIVITY A / RRAA


分子量: 17371.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D8AM26, UniProt: P0A8R0*PLUS
#2: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE SRMB


分子量: 19559.531 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 219-388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P21507, RNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: CRYSTALS WERE PREPARED USING THE HANGING DROP METHOD AT 16 DEG. C BY MIXING 1:1 PROTEIN SAMPLE WITH MOTHER LIQUOR: 100 MM MAGNESIUM ACETATE, 100 MM MOPS PH 7.2 AND 12% W/V PEG 8000.THE ...詳細: CRYSTALS WERE PREPARED USING THE HANGING DROP METHOD AT 16 DEG. C BY MIXING 1:1 PROTEIN SAMPLE WITH MOTHER LIQUOR: 100 MM MAGNESIUM ACETATE, 100 MM MOPS PH 7.2 AND 12% W/V PEG 8000.THE CRYSTALS WERE TRANSFERRED BRIEFLY TO RESERVOIR SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 25% (V/V) GLYCEROL AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→63.56 Å / Num. obs: 15208 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5X

1q5x


解像度: 2.9→74.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 16.027 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25658 804 5 %RANDOM
Rwork0.19227 ---
obs0.19544 15208 99.07 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.431 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.48 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→74.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4964 0 0 29 4993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.966820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1245640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33424.286259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.39715832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7741544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6741.53157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3125038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74231883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1074.51782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1196 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.410.5
2Bmedium positional0.510.5
3Cmedium positional0.530.5
1Amedium thermal0.72
2Bmedium thermal0.682
3Cmedium thermal0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 52 -
Rwork0.268 1082 -
obs--99.21 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る