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- PDB-2yjg: Structure of the lactate racemase apoprotein from Thermoanaerobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yjg
タイトルStructure of the lactate racemase apoprotein from Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum
要素LACTATE RACEMASE APOPROTEIN
キーワードISOMERASE / NICKEL-DEPENDENT ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate racemase / lactate racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / : / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / : / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種THERMOANAEROBACTERIUM THERMOSACCHAROLYTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Declercq, J.P. / Desguin, B. / Soumillion, P. / Hols, P.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Lactate Racemase is a Nickel-Dependent Enzyme Activated by a Widespread Maturation System.
著者: Desguin, B. / Goffin, P. / Viaene, E. / Kleerebezem, M. / Martin-Diaconescu, V. / Maroney, M.J. / Declercq, J. / Soumillion, P. / Hols, P.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTATE RACEMASE APOPROTEIN
B: LACTATE RACEMASE APOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8539
ポリマ－96,2862
非ポリマー5677
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-86.5 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.410, 223.250, 46.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0412, 0.96076, 0.27431), (0.9365, -0.05856, 0.34574), (0.34824, 0.27114, -0.89734)
ベクター: 46.825, -52.166, 20.112)

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要素

#1: タンパク質 LACTATE RACEMASE APOPROTEIN


分子量: 48143.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMOANAEROBACTERIUM THERMOSACCHAROLYTICUM (バクテリア)
株: DSM 571 / 参照: UniProt: D9TQ02, lactate racemase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE LAST 10 RESIDUES OF THE GIVEN SEQUENCE REPRESENT THE STREPTAG USED FOR PURIFICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
解説: THE MAD METHOD WAS APPLIED TO A HG DERIVATIVE. THE RESULTING PARTIAL MODEL WAS POSITIONED IN THE NATIVE DATA BY MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP. RESERVOIR: 22%(W/V) PEGMME 5000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 6.5, 3%(V/V) ETHYLENE GLYCOL. DROP: 1 MICROL PROTEIN AND 1 MICROL RESERVOIR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979733
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日
詳細: TWO MIRRORS ARE USED FOR VERTICAL FOCUSSING. THEY ALSO ALLOW TO REJECT HIGH ORDER HARMONICS FOUND IN THE WHITE BEAM.
放射モノクロメーター: FIRST CRYSTAL FLAT AND N2 COOLED. SECOND ONE SAGITALLY BENT. SI(111) OR SI(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979733 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 73824 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MAD-SOLVED PARTIAL MODEL

解像度: 1.8→114.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.965 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THERE WERE NO RAMACHANDRAN OUTLIERS USING THE MOLPROBITY DEFINITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22933 3721 5 %RANDOM
Rwork0.18169 ---
obs0.18407 70103 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→114.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6459 0 30 587 7076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9718887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971311084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05125.139288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.775151212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6461534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0531.54143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3181.51696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81726684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00732445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8394.52203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 232 -
Rwork0.262 4538 -
obs--85.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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