PDB-2yj7: Crystal structure of a hyperstable protein from the Precambrian period

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yj7

タイトル

Crystal structure of a hyperstable protein from the Precambrian period

要素

LPBCA THIOREDOXIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Ingles, A. / Ibarra, B. / Garcia-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2011年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月21日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yj7.cif.gz	109.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yj7.ent.gz	84.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yj7_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yj7_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	2yj7_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	2yj7_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yn1C 2ynxC 2yoiC 2ypmC 3zivC 4ba7C 2trxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1auc-d 1rqm-d 1thx-d 3m9k-1 4pol-2 3m9j-2 1tho-d 1tru-d 2fch-1 5hr1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LPBCA THIOREDOXIN

B: LPBCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LPBCA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LPBCA THIOREDOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.072, 30.189, 59.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	LPBCA THIOREDOXIN 分子量: 12005.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.5 / 詳細: 30% PEG 1500., pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.45 Å / Num. obs: 21198 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx

解像度: 1.65→48.449 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	1018	5 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1839	20541	96.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.542 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3494 Å²	0 Å²	1.2014 Å²
2-	-	-0.0228 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3721 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1668	0	1	261	1930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	2649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.588	797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6501-1.7371	0.2855	140	0.2459	2617	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7371-1.8459	0.2591	135	0.2158	2702	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8459-1.9884	0.2356	140	0.193	2723	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9884-2.1885	0.2298	152	0.1828	2814	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1885-2.5052	0.2191	137	0.1882	2855	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5052-3.1562	0.2167	159	0.1768	2865	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1562-48.4698	0.1937	155	0.1618	2947	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8725	-0.2968	-0.5837	0.5496	-0.1848	1.4701	-0.0132	0.022	-0.0299	-0.004	0.0245	0.1241	0.0371	-0.0492	0.0106	0.063	-0.0078	0.0191	0.0355	-0.0036	0.0476	-11.8252	3.5179	12.7424
2	0.5926	-0.0607	-0.5952	0.433	-0.13	1.0089	-0.0593	0.0059	-0.0697	0.1001	-0.0051	0.0436	0.1516	-0.0067	0.0236	0.1704	0.0128	0.0532	0.0439	-0.0061	0.0867	-4.8234	-9.1215	9.5901
3	0.8181	0.107	-0.4151	0.4919	-0.275	1.5152	0.013	-0.06	0.0776	0.0081	-0.0426	-0.0064	0.0617	0.1457	0.0011	0.0654	-0.0083	0.017	0.0616	-0.0037	0.0398	-4.4631	3.4114	13.3484
4	0.6056	0.0469	-0.3806	1.0682	-1.1631	1.4515	0.0081	-0.1727	-0.0476	0.1482	-0.0733	-0.0915	-0.032	0.1689	0.0651	0.1692	0.0683	-0.0142	0.2578	0.062	0.0811	2.3778	-5.0727	22.1717
5	0.6135	0.5974	-0.025	1.6799	0.4	0.2181	0.0211	0.0794	-0.1313	0.0291	0.0056	0.003	0.0355	-0.0091	-0.0156	0.0909	-0.0265	-0.0778	0.1524	0.0709	0.3276	-42.7247	2.1367	9.2541
6	1.0236	-0.2016	0.2996	0.321	0.0608	0.5103	-0.0642	-0.1105	-0.1075	0.021	0.0333	0.1871	-0.0032	-0.1298	0.0321	0.0539	0.0032	-0.0193	0.1689	0.1092	0.2902	-37.4094	2.9859	13.3647
7	1.3221	0.1162	-0.6797	0.6398	-0.6918	1.536	0.0108	-0.027	-0.2285	-0.1103	0.0706	0.2913	0.1347	-0.0481	-0.0485	0.1664	-0.0104	-0.0742	0.1022	0.0392	0.3205	-29.8393	-7.9127	9.3983
8	0.5945	-0.0707	0.0758	0.2625	-0.011	0.2446	-0.0925	-0.1011	0.0276	0.0175	0.0753	0.1338	-0.0121	-0.0271	-0.0367	0.056	0.0043	-0.0375	0.128	0.1137	0.2289	-32.3762	4.6286	13.4407
9	0.074	0.0872	0.0797	0.609	-0.3805	0.5306	-0.03	-0.1251	-0.0575	0.0735	0.1309	0.1529	-0.0114	-0.1534	-0.06	0.194	0.0831	0.0431	0.1939	0.1261	0.1687	-24.99	-3.863	21.9012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 32:47)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 48:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 95:106)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 2:10)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 11:31)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 32:47)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 48:94)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 95:106)

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