PDB-2yij: Crystal Structure of phospholipase A1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yij

タイトル

Crystal Structure of phospholipase A1

要素

PHOSPHOLIPASE A1-IIGAMMA

キーワード

HYDROLASE / PHOSPHOLIPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

diacylglycerol catabolic process / negative regulation of seed germination / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase A1 activity / monoacylglycerol lipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid storage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lee, I.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phospholipase A1
著者: Lee, I.

履歴

登録	2011年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yij.cif.gz	164.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yij.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yij_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yij_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	2yij_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	2yij_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gsn-d 6k3c-d 4b4f-d 4nrs-d 2vcq-d 4p85-d 4yvp-d 4zba-d 2b67-d 1rfi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOLIPASE A1-IIGAMMA

B: PHOSPHOLIPASE A1-IIGAMMA

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.223, 95.854, 78.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PHOSPHOLIPASE A1-IIGAMMA / DAD1-LIKE SEEDLING ESTABLISHMENT-RELATED LIPASE / ATDSEL / PHOSPHOLIPASE DSEL / AT4G18550 / LIPASE- ...DAD1-LIKE SEEDLING ESTABLISHMENT-RELATED LIPASE / ATDSEL / PHOSPHOLIPASE DSEL / AT4G18550 / LIPASE-LIKE PROTEIN 分子量: 48229.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

PHOSPHOLIPASE A1-IIGAMMA / DAD1-LIKE SEEDLING ESTABLISHMENT-RELATED LIPASE / ATDSEL / PHOSPHOLIPASE DSEL / AT4G18550 / LIPASE- ...

分子量: 48229.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.57 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 4A / 波長: 0.979632, 0.979454, 0.971679

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979632	1
2	0.979454	1
3	0.971679	1

反射

解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 114783 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 25.39

反射シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.999 / ESU R Free: 4.568 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26403	67394	98.2 %	RANDOM
R_work	0.23112	-	-	-
obs	0.26344	1264	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.831 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6190	0	0	406	6596

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	4842	-
R_work	0.24	87	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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