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万見
- PDB-2yi1: Crystal structure of N-Acetylmannosamine kinase in complex with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yi1
タイトルCrystal structure of N-Acetylmannosamine kinase in complex with N- acetyl mannosamine 6-phosphate and ADP.
要素BIFUNCTIONAL UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE/N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / SUGAR KINASE / ROK FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GNE causes sialuria, NK and IBM2 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylmannosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process ...Defective GNE causes sialuria, NK and IBM2 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acetylneuraminate biosynthetic process / N-acylmannosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / CMP-N-acetylneuraminate biosynthetic process / glycosylation / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / Sialic acid metabolism / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase,UDP-hydrolysing / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / Chem-BMX / Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Martinez, J. / Nguyen, L.D. / Tauberger, E. / Hinderlich, S. / Reutter, W. / Fan, H. / Saenger, W. / Moniot, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of N-Acetylmannosamine Kinase Provide Insights Into Enzyme Specificity and Inhibition
著者: Martinez, J. / Nguyen, L.D. / Tauberger, E. / Hinderlich, S. / Reutter, W. / Fan, H. / Saenger, W. / Moniot, S.
履歴
登録2011年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Other
改定 1.22012年5月2日Group: Other
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE/N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67515
ポリマ－36,6391
非ポリマー2,03514
水2,576143
1
A: BIFUNCTIONAL UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE/N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE
ヘテロ分子

A: BIFUNCTIONAL UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE/N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,34930
ポリマ－73,2782
非ポリマー4,07128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-59.9 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.700, 90.700, 101.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 2-EPIMERASE/N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE / N-ACETYL MANNOSAMINE KINASE / MANAC KINASE / UDP-GLCNAC-2-EPIMERASE/MANAC KINASE


分子量: 36639.016 Da / 分子数: 1 / 断片: N-ACETYLMANNOSAMINE KINASE DOMAIN, RESIDUES 406-720 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A-MNK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9Y223, N-acylmannosamine kinase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 糖 ChemComp-BMX / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-6-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-ManpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / N-acetyl-alpha-D-mannosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-D-mannose / 2-acetamido-2-deoxy-mannose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DManpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 9種, 155分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細2-(ACETYLAMINO)-6-(PHOSPHATE)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE (BMX): N ACETYL MANNOSAMINE ...2-(ACETYLAMINO)-6-(PHOSPHATE)-2-DEOXY-ALPHA-D-MANNOPYRANOSE (BMX): N ACETYL MANNOSAMINE PHOSPHORYLATED AT THE C6 POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 40% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.4 Å / Num. obs: 24925 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YHW

2yhw


解像度: 2.15→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.828 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19101 1179 5 %RANDOM
Rwork0.16667 ---
obs0.16791 22395 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 117 143 2530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7882.0033416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01434028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2852590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9761.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2891.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75622549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0073930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8084.5867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 86 -
Rwork0.177 1630 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4857-0.26610.00491.5158-0.33211.30350.0330.0048-0.0713-0.13960.0105-0.01670.19680.0628-0.04350.05970.00580.00430.07640.00540.084128.8131.134-7.126
246.068-5.35884.87053.5962.305320.8076-0.7437-0.58981.06590.26740.0437-0.7381-0.08293.14930.69990.1286-0.0237-0.07441.1530.10710.498850.16718.3894.739
30.6696-0.4012-0.25642.48621.02611.7306-0.0887-0.1682-0.02760.26420.1249-0.05590.11060.1836-0.03620.05240.0154-0.02020.08980.01650.055426.76411.8798.034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A405 - 597
2X-RAY DIFFRACTION2A598 - 642
3X-RAY DIFFRACTION3A643 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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