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万見
- PDB-2yhs: Structure of the E. coli SRP receptor FtsY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhs
タイトルStructure of the E. coli SRP receptor FtsY
要素CELL DIVISION PROTEIN FTSY
キーワードCELL CYCLE / PROTEIN TARGETING / SIMIBI CLASS GTPASE / GTP-BINDING / MEMBRANE / NUCLEOTIDE-BINDING / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stjepanovic, G. / Bange, G. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Lipids Trigger a Conformational Switch that Regulates Signal Recognition Particle (Srp)-Mediated Protein Targeting.
著者: Stjepanovic, G. / Kapp, K. / Bange, G. / Graf, C. / Parlitz, R. / Wild, K. / Mayer, M.P. / Sinning, I.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7086
ポリマ－55,3981
非ポリマー3105
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.358, 108.412, 31.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN FTSY / FTSY


分子量: 55397.883 Da / 分子数: 1 / 断片: NG DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P10121
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 30% JEFFAMINE ED-2001 PH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.7 Å / Num. obs: 38500 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 10.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FTS

1fts


解像度: 1.6→39.679 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CRYSTALLIZATION WAS SET UP WITH FULL-LENGTH FTSY. THE MODEL INCLUDES THE NG PLUS 9 STRUCTURE AND THE A DOMAIN IS NOT PRESENT IN THE CRYSTALS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 1824 5 %
Rwork0.1782 --
obs0.1803 36676 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.021 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7037 Å20 Å20 Å2
2--1.4495 Å20 Å2
3----0.7458 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 20 214 2603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0063335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.253948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65720.30971720.27143377X-RAY DIFFRACTION97
1.6572-1.72360.29421600.24433379X-RAY DIFFRACTION97
1.7236-1.8020.25411590.20723372X-RAY DIFFRACTION96
1.802-1.8970.21511890.18053395X-RAY DIFFRACTION97
1.897-2.01590.251520.16553459X-RAY DIFFRACTION98
2.0159-2.17150.21721860.15963492X-RAY DIFFRACTION99
2.1715-2.390.22072020.16113488X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.73580.23552100.17053533X-RAY DIFFRACTION100
2.7358-3.44650.19181840.16663610X-RAY DIFFRACTION100
3.4465-39.69120.18762100.16723747X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.5794 Å / Origin y: 12.977 Å / Origin z: -10.8261 Å
111213212223313233
T0.037 Å20.0115 Å2-0.0051 Å2-0.0193 Å2-0.0069 Å2--0.026 Å2
L0.8937 °2-0.1938 °20.2292 °2-0.1795 °2-0.1107 °2--0.2194 °2
S0.0292 Å °0.0694 Å °-0.0818 Å °-0.0216 Å °0.0004 Å °0.0305 Å °0.0133 Å °0.0227 Å °-0.0213 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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