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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yfv | ||||||
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タイトル | The heterotrimeric complex of Kluyveromyces lactis Scm3, Cse4 and H4 | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / KINETOCHORE / CENTROMERE / HISTONE CHAPERONE / BUDDING YEAST | ||||||
機能・相同性 | ![]() CENP-A containing nucleosome binding / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly ...CENP-A containing nucleosome binding / condensed chromosome, centromeric region => GO:0000779 / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome segregation / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly / histone binding / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, U.S. / Harrison, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recognition of the Centromere-Specific Histone Cse4 by the Chaperone Scm3. 著者: Cho, U.S. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11692.733 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 81-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 8456.876 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-98 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 7430.433 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 41-103 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE, PH4.5, 6% PEG 4000, AND 0.1 M SODIUM IODIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CHOZU HLD8-24 MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 11636 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 55.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EQZ 解像度: 2.32→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.225 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 126-130 OF CHAIN A ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.054 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→50 Å
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拘束条件 |
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