PDB-2yfe: Ligand binding domain of human PPAR gamma in complex with amorfrutin 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yfe

タイトル

Ligand binding domain of human PPAR gamma in complex with amorfrutin 1

要素

PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

キーワード

RECEPTOR / AGONIST / DIABETES / INSULIN RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / fatty acid metabolic process / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

de Groot, J.C. / Buessow, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Amorfrutins are Potent Antidiabetic Dietary Natural Products
著者: Weidner, C. / De Groot, J.C. / Prasad, A. / Freiwald, A. / Quedenau, C. / Kliem, M. / Witzke, A. / Kodelja, V. / Han, C.-T. / Giegold, S. / Baumann, M. / Klebl, B. / Siems, K. / Mueller- ...

履歴

登録	2011年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Other
改定 1.2	2012年5月2日	Group: Other
改定 1.3	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yfe.cif.gz	233.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yfe.ent.gz	191 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1prgS 1fm6 1fm9 1i7i 1k74 1knu 1nyx 1rdt 1wm0 1zgy 2f4b 2fvj 2g0g 2g0h 2prg 2vsr 2vst 2vv0 2vv1 2vv2 2vv3 2vv4 2xkw 3prg 4prg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vv0-1 4a4w-1 6lxa-d 6lx7-d 5rc5-d 5r3o-d 4a4v-1 3cds-3 6ron-d 7awc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

66.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.810, 61.100, 118.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.10451, -0.97693, 0.18625), (-0.98458, -0.12806, -0.11919), (0.14029, -0.17092, -0.97525)
ベクター: 4.99266, 16.39462, 62.70806)

#1: タンパク質	PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA / PPAR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 3 分子量: 32693.824 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 195-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-YFE / Amorfrutin 1 / アモルフルチンA 分子量: 340.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.8M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M IMIDAZOLE, PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5419
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 PLUS / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日
放射	モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.5 Å / Num. obs: 43633 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.82
反射シェル	解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PRG

1prg

解像度: 2→27.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 10.456 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25385	2182	5 %	RANDOM
R_work	0.20425	-	-	-
obs	0.20672	41449	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.026 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0.47 Å²
2-	-	2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4224	0	50	180	4454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.243	2.007	6024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.236	5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.779	25.431	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.272	15	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.668	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.679	1.5	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.267	2	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.918	3	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.208	4.5	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	162	-
R_work	0.28	3072	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.525	-0.5934	-0.5379	0.2534	0.2685	1.9563	-0.1144	-0.0868	-0.0741	0.0785	0.0838	0.0109	0.0166	0.1258	0.0306	0.178	-0.0292	-0.006	0.1826	0.001	0.1897	30.0397	8.1213	48.097
2	1.326	-0.6252	-1.0814	0.4266	0.1131	2.187	0.0636	0.0796	0.1299	0.029	0.0506	-0.0565	-0.3361	-0.2008	-0.1142	0.2388	-0.0234	-0.0224	0.2217	0.0205	0.2276	21.5331	19.474	37.3516
3	0.6562	-0.701	0.0604	1.5568	1.4699	3.4778	-0.1369	-0.0203	-0.0833	0.0867	0.1531	0.0288	-0.1051	-0.0732	-0.0162	0.2071	0.0105	0.0029	0.2392	0.0177	0.2107	16.5713	14.5318	51.7419
4	0.6497	-0.3122	-0.1541	0.7506	0.2512	0.9957	-0.0453	0.0784	-0.0957	0.0232	0.0202	0.1163	0.0405	-0.1195	0.0251	0.1786	-0.0693	-0.0173	0.2046	-0.0163	0.2368	20.8981	3.3594	38.0339
5	6.0782	-11.2497	0.4126	21.7718	-1.4347	0.5105	0.0304	0.2576	-0.1113	-0.0591	-0.0237	0.1648	-0.001	-0.2859	-0.0067	0.1532	-0.0885	-0.0746	0.3051	0.0035	0.2249	7.8119	14.098	35.5762
6	8.0713	-7.972	-1.4796	7.8884	1.4556	0.2795	0.7181	0.884	-0.0755	-0.6295	-0.7708	0.1164	-0.1853	-0.1881	0.0527	0.5183	0.2479	0.0002	0.3447	0.1594	0.1505	13.6774	24.366	31.3541
7	1.5167	-0.757	0.2007	1.595	-0.8111	3.2633	0.0001	0.3276	-0.2173	-0.041	0.0352	-0.109	0.2855	0.1471	-0.0353	0.2482	-0.0688	0.0072	0.1664	-0.0765	0.2563	10.9566	-22.3616	23.9428
8	1.9794	0.7859	-1.229	1.4079	0.3349	6.0729	0.2164	0.4626	-0.2711	-0.0083	-0.0852	-0.0713	0.3191	-0.6734	-0.1312	0.2668	-0.023	-0.0371	0.5017	-0.0684	0.067	-8.3087	-10.6255	6.0915
9	1.0727	-0.0993	-0.043	0.1764	0.0857	1.7378	0.015	0.1318	0.0023	-0.0012	0.0034	-0.0141	-0.0919	-0.1962	-0.0184	0.1993	-0.0545	0.0112	0.211	-0.0001	0.2249	-1.6041	-12.2901	29.1646
10	2.9567	-1.3813	1.3548	0.7074	-0.2595	3.1382	0.063	0.201	0.1001	-0.0719	-0.1404	-0.057	-0.408	-0.2363	0.0774	0.3042	-0.0489	0.0626	0.2899	0.0401	0.1253	0.3887	-2.1955	12.4207
11	1.5832	0.1752	-0.5592	0.3892	-0.1971	1.2063	0.0563	0.0152	-0.0211	0.0122	0.0281	-0.1552	0.0006	0.1144	-0.0844	0.1878	-0.0632	-0.0033	0.1903	-0.0339	0.2434	15.0786	-12.5457	31.6989
12	0.9672	-0.0278	-1.1233	2.7392	0.8044	1.7636	0.3106	0.1198	0.5199	-0.1454	-0.0712	0.4923	-0.1732	-0.2947	-0.2394	0.31	-0.0446	0.1527	0.2784	0.0083	0.5361	-7.3792	0.2448	26.4476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	202 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	254 - 326
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	327 - 352
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	353 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	437 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	462 - 476
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	206 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	240 - 277
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	278 - 334
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	335 - 371
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	372 - 437
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	438 - 474

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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