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- PDB-2yf9: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yf9
タイトルSTRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS, NATIVE FORM
要素MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / DIMERIC DUTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
putative ntp pyrophosphohydrolase like fold / putative ntp pyrophosphohydrolase like domain / NTP pyrophosphohydrolase-like domain superfamily / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HAD superfamily Cof-like phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Goncalves, A.M.D. / De Sanctis, D. / Mcsweeney, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Insights Into Dr2231 Protein, the Mazg-Like Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase from Deinococcus Radiodurans.
著者: Goncalves, A.M.D. / Desanctis, D. / Mcsweeney, S.M.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references / Version format compliance
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8515
ポリマ－16,7091
非ポリマー1424
水2,558142
1
A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,70110
ポリマ－33,4172
非ポリマー2848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area7810 Å2
ΔGint-148.3 kcal/mol
Surface area12910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.925, 62.925, 167.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2053-

HOH

21A-2087-

HOH

31A-2109-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE / DR2231


分子量: 16708.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9RS96, nucleoside-triphosphate diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 0.1 M CITRIC ACID, 5-10%(W/V) PEG 6000., pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.68 Å / Num. obs: 16383 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YEU

2yeu


解像度: 1.899→45.683 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 843 5.2 %
Rwork0.1883 --
obs0.19 16305 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.991 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6289 Å20 Å20 Å2
2--4.6289 Å20 Å2
3----7.1559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→45.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 4 142 1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0921550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.37434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8987-2.01760.28921480.2252483X-RAY DIFFRACTION99
2.0176-2.17340.24991520.17562492X-RAY DIFFRACTION100
2.1734-2.39210.22511490.17212508X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.73820.22911370.19362564X-RAY DIFFRACTION100
2.7382-3.44970.23331090.19092625X-RAY DIFFRACTION100
3.4497-45.6960.20051480.18652790X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.4473 Å / Origin y: 13.7702 Å / Origin z: 12.1328 Å
111213212223313233
T0.1125 Å20.0299 Å2-0.0032 Å2-0.084 Å2-0.0043 Å2--0.0962 Å2
L0.2074 °20.0838 °2-0.113 °2-0.1628 °20.1663 °2--0.4096 °2
S-0.0382 Å °-0.0258 Å °-0.0104 Å °0.0356 Å °0.0501 Å °-0.0164 Å °0.0089 Å °0.0513 Å °-0.0109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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