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- PDB-2yeo: A39L mutation of scorpion toxin lqh-alpha-it -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yeo
タイトルA39L mutation of scorpion toxin lqh-alpha-it
要素ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT
キーワードTOXIN / DEFENSE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM / N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM / Alpha-insect toxin LqhaIT
類似検索 - 構成要素
生物種LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Frolow, F. / Kahn, R. / Gurevitz, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Scorpion Alpha-Toxinsmutants Reveal Conformational Constraints that Dictate Preference for Mammalian Brain Voltage-Gated Na- Channels
著者: Frolow, F. / Kahn, R. / Gurevitz, M.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,10010
ポリマ－7,4391
非ポリマー6619
水1,964109
1
A: ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT
ヘテロ分子

A: ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT
ヘテロ分子

A: ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,29930
ポリマ－22,3163
非ポリマー1,98327
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
Buried area5750 Å2
ΔGint-140.8 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.707, 129.707, 129.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1066-

DR8

21A-1066-

DR8

31A-1066-

DR8

41A-1066-

DR8

51A-1066-

DR8

61A-1066-

DR8

71A-1066-

DR8

81A-1066-

DR8

91A-2011-

HOH

101A-2052-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ALPHA-INSECT TOXIN LQHAIT / MUTANT OF NEUROTOXIN ALPHA-IT / LQH-ALPHA-IT / ALPHA-IT


分子量: 7438.535 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-83 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCORPION TOXIN
由来: (組換発現) LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS (サソリ)
プラスミド: PET-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17728

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非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-DR8 / N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM


分子量: 146.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N
#3: 化合物 ChemComp-DR0 / N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM


分子量: 160.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H22NO
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 58 TO LEU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.01 M HEXADECYLTRIMETHYLAMMONIUM BROMIDE, 0.5 M SODIUM CHLORIDE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE PROTEIN MOLECULE WAS OF 10MG/ML DISSOLVED IN DISTILLED WATER

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9299
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 694937 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 10.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ASC

2asc


解像度: 1.08→29.003 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 8.66 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: FOLLOWING THE COLLECTION OF THE DATASET, THE SYMMETRY RELATED REFLECTIONS WERE AVERAGED TO GET INDEPENDENT SET OF REFLECTIONS.40503 IS THE NUMBER UNIQUE REFLECTIONS(FRIEDEL PAIRS AVERAGED). ...詳細: FOLLOWING THE COLLECTION OF THE DATASET, THE SYMMETRY RELATED REFLECTIONS WERE AVERAGED TO GET INDEPENDENT SET OF REFLECTIONS.40503 IS THE NUMBER UNIQUE REFLECTIONS(FRIEDEL PAIRS AVERAGED).75550 IS THE NUMBER OF INDEPENDENT REFLECTIONS WITH SEPARATED FRIEDEL PAIRS THAT WERE USED FOR ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIR METHOD TO CHECK BEHAVIOUR OF SULFUR ATOMS IN DISULFIDE BRIDGES.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1234 3734 4.9 %
Rwork0.1204 --
obs0.1205 75550 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.925 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→29.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数517 0 41 109 667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.694821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.148245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0805-1.09420.17151380.20042632X-RAY DIFFRACTION100
1.0942-1.10860.19811380.18522689X-RAY DIFFRACTION100
1.1086-1.12370.16021360.16042654X-RAY DIFFRACTION100
1.1237-1.13980.1671370.14712637X-RAY DIFFRACTION100
1.1398-1.15680.13631410.14062664X-RAY DIFFRACTION100
1.1568-1.17490.13531390.13432660X-RAY DIFFRACTION100
1.1749-1.19410.15421420.12572662X-RAY DIFFRACTION100
1.1941-1.21470.12741400.12292654X-RAY DIFFRACTION100
1.2147-1.23680.1231410.12822660X-RAY DIFFRACTION100
1.2368-1.26060.14151340.12042670X-RAY DIFFRACTION100
1.2606-1.28630.11181410.10922632X-RAY DIFFRACTION100
1.2863-1.31430.11521360.10952681X-RAY DIFFRACTION100
1.3143-1.34490.11041410.10432631X-RAY DIFFRACTION100
1.3449-1.37850.08821400.09892672X-RAY DIFFRACTION100
1.3785-1.41580.11341420.08682668X-RAY DIFFRACTION100
1.4158-1.45750.11031390.08922674X-RAY DIFFRACTION100
1.4575-1.50450.09741390.08522649X-RAY DIFFRACTION100
1.5045-1.55830.09061400.08132664X-RAY DIFFRACTION100
1.5583-1.62070.09421360.07942656X-RAY DIFFRACTION100
1.6207-1.69440.09191340.08282665X-RAY DIFFRACTION100
1.6944-1.78370.1041400.09172679X-RAY DIFFRACTION100
1.7837-1.89550.1071330.09832648X-RAY DIFFRACTION100
1.8955-2.04180.12411400.10462671X-RAY DIFFRACTION100
2.0418-2.24720.09931410.10252653X-RAY DIFFRACTION100
2.2472-2.57220.12931320.11372656X-RAY DIFFRACTION100
2.5722-3.240.12211380.13012682X-RAY DIFFRACTION100
3.24-29.01380.15291360.172653X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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