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- PDB-2ycb: Structure of the archaeal beta-CASP protein with N-terminal KH do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ycb
タイトルStructure of the archaeal beta-CASP protein with N-terminal KH domains from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR
キーワードHYDROLASE / BETA-CASP / RNASE / KH / METALLO-BETA-LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #230 / Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / Transcription termination factor FttA, KH domain / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #230 / Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / Transcription termination factor FttA, KH domain / Rossmann fold - #10890 / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / K homology (KH) domain / Type-1 KH domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 4-Layer Sandwich / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Transcription termination factor FttA
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Silva, A.P.G. / Chechik, M. / Byrne, R.T. / Waterman, D.G. / Ng, C.L. / Dodson, E.J. / Koonin, E.V. / Antson, A.A. / Smits, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure and Activity of a Novel Archaeal Beta-Casp Protein with N-Terminal Kh Domains.
著者: Silva, A.P.G. / Chechik, M. / Byrne, R.T. / Waterman, D.G. / Ng, C.L. / Dodson, E.J. / Koonin, E.V. / Antson, A.A. / Smits, C.
履歴
登録2011年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR
B: CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,76613
ポリマ－145,9812
非ポリマー78511
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-0.2 kcal/mol
Surface area66820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.027, 112.027, 400.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR / BETA-CASP RNASE


分子量: 72990.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
株: DELTA H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O27271
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM KH2PO4 PH 5.2, 2% PEG 2000 MME, 7% ETHYLENE GLYCOL, 0.5 MM ZNCL2, 1 MM TRIS(2- CARBOXYETHYL)PHOSPHINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.282
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 46893 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 96.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0086精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I7V

2i7v


解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 42.941 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.003 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25081 957 2 %RANDOM
Rwork0.21462 ---
obs0.21538 46893 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: SOLVENT FLATTENING
原子変位パラメータBiso mean: 105.152 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2 Å20 Å20 Å2
2--5.2 Å20 Å2
3----10.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10229 0 27 29 10285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.9714128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0651267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9823.387496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.578151929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7361596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.105→3.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 51 -
Rwork0.35 2923 -
obs--93.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.49951.3030.30893.8008-1.381311.4617-0.0319-0.3134-0.00260.5686-0.0937-0.4786-0.36790.47950.12560.1460.0513-0.0950.5963-0.07120.419782.952-18.081-22.634
23.9161-0.873-0.11332.2958-0.63195.61230.09590.2411-0.2066-0.0876-0.11640.09560.0658-0.20980.02050.03570.0271-0.08330.2746-0.12570.217958.223-19.826-41.967
37.95682.43770.03761.8127-0.33043.89790.00790.28-0.51650.1423-0.14180.11770.2261-0.45790.13390.135-0.02980.01650.5761-0.06210.292639.861-32.481-24.915
43.11031.8021-0.16266.3582-2.8427.9091-0.19080.3074-0.1848-0.52270.237-0.1570.23010.1737-0.04620.48490.3256-0.03760.487-0.1220.401156.238-29.817-103.753
53.0121-0.9397-0.17253.0589-0.10554.81050.04750.01360.11640.0057-0.0817-0.1158-0.3050.20680.03420.17270.1578-0.14830.3422-0.06150.218755.738-11.67-77.881
62.7499-0.8638-0.76033.81690.72274.5729-0.1282-0.18741.3657-0.0594-0.0225-0.5787-1.56490.7910.15061.21310.019-0.2110.69140.08840.964658.5113.164-90.241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2A139 - 383
3X-RAY DIFFRACTION2A578 - 636
4X-RAY DIFFRACTION3A384 - 577
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 138
6X-RAY DIFFRACTION5B139 - 383
7X-RAY DIFFRACTION5B578 - 636
8X-RAY DIFFRACTION6B384 - 577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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